Ecriture de molécules chimiques (en mode développé ou semi-développé)

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    • #2980
      Colonna
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      Bonjour à tous,

      Je souhaite dessiner des molécules chimiques en mode (semi-)développé.
      Je me suis tournée vers chemdraw mais j’ai systématiquement des messages d’erreur liés à des problèmes de sécurité avec Java.
      J’ai tenté l’écriture via LaTeX mais ça ne marche pas.
      Existe-t-il un autre moyen ?

      Un grand merci d’avance !

      Bonne journée,

      Claire

      • Ce sujet a été modifié le il y a 5 années et 4 mois par Colonna.
    • #2982
      bernadette
      Maître des clés
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      Veux tu cela à la volée ou pour stocker ces formules quelque part en image ?
      Dans le premier cas, il n’y a peut-être rien actuellement.
      Par contre, les applets java fonctionnent comme logiciel de bureau et tu peux
      alors sauver les formules en png ou svg. Il y a aussi un outil chemtool qui est accessible d’un compte modtool à condition que obabel soit installé sur le serveur wims que tu utilises. Mais je ne sais pas bien si c’est ce que tu veux.

      J’ai aussi des scripts perl que j’avais récupéré quelque part, il y a longtemps qui à partir d’un fichier mol crée des images correspondantes.
      Si le reste ne te convient pas, j’essaierai de remettre la main dessus.
      je m’en servais pour générer des centaines d’images à partir de fichiers mol
      en ligne de commande.
      Bernadette

      Bernadette

    • #2983
      jm.evers
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      Hi,

      You could use WIMSchem (or SketchEL) ,If you « just » want to create a 2D molecule or reaction scheme and export it into SVG (or any bitmap format you like)
      Get a copy of WIMSchem or SketchEL
      http://sourceforge.net/projects/sketchel/

      And use the applet as desktop application (no security problems…)

      java -jar WIMSchem.jar

      Joke

      • Cette réponse a été modifiée le il y a 5 années et 4 mois par jm.evers.
      • Cette réponse a été modifiée le il y a 5 années et 4 mois par jm.evers.
      • #2987
        Yves NOEL
        Participant
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        Hi,

        I think we have to try to drop Java as far as possible. In this perspective I have searched a JavaScript molecular editor similar to sketchel.
        I have found JSME : JSME home page
        In addition, it is easy to interact with the JSME Javascript applet through a javascript library. It is even possible to make JSME and JSmol interact going back and forth between 2D and 3D.

        Yves

    • #2986
      Yves NOEL
      Participant
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      Il n’y a pas beaucoup de logiciels permettant de produire des dessins de formules semi développées contrairement aux formules topologiques. Si je ne me trompe pas dans une formule semi développée un chaine carbonée simple, par exemple, apparait linéaire ; alors qu’en formule topologique elle apparait sous forme de « vagues ».<br/>
      semi-développée
      formule topologique

      en tout cas il n’y en a pas pour le faire à la volée (à ma connaissance).
      Tu dois donc ouvrir un editeur de molécule (il en existe beaucoup), et sauvegarder ta molécule dessinée en svg ou png et utiliser les images ainsi générées de manière classique dans tes exos.

      openbabel (qui ne convient pas pour des formules semi développées) est installé sur le serveur de l’UPMC mais c’est une vieille version qui ne réagit pas tout à fait correctement. On ne peut pas mettre à jour openbabel sans mettre à jour le serveur ce qui est pour le moment impossible.

      Y-v-e-s

    • #2988
      jm.evers
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      Hmmm, I was ignorent about the meaning of « formules semi développées »

      I guess « formules semi développées » could be done easy by LateX…
      just add a package like Martin Hansel’s « mhchem » to your local TeX version and all bonds can be simply created.

      And yes, we should switch to javascript & SVG as replacement for WIMSchem. There are currently a few very fine js-libraries available.
      One important feature -it seems to me- of such system should be the possiblity to import MDL mol files.

      joke

      • Cette réponse a été modifiée le il y a 5 années et 4 mois par jm.evers.
    • #2989
      Colonna
      Participant
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      Un grand merci à tous pour vos réponses rapides.

      Je vais donc passer par des images préenregistrées en png.

      Bonne journée,

      Claire

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