jmolshow et code SMILES

Accueil Forums Programmation WIMS Programmation d’exercices OEF jmolshow et code SMILES

Vous lisez 2 fils de discussion
  • Auteur
    Messages
    • #3397
      Colonna
      Participant
      Up
      0
      Down

      Bonjour,

      J’avais fait l’an passé un exercice utilisant jmolshow avec le code SMILES de la molécule à représenter. Dans mon souvenir, cela fonctionnait.
      Mais maintenant, cela ne fonctionne plus.

      Que puis-je faire pour résoudre le problème ? Peut-on encore utiliser les codes SMILES ou doit-on exclusivement passer par des fichiers type .mol ?

      Merci d’avance pour voter aide !

      Bonne journée,

      Claire

    • #3398
      Yves NOEL
      Participant
      Up
      0
      Down

      Bonjour Claire,

      Le serveur qui convertit le code SMILE en structure à changé d’URL (il passé de http en https). Du coup les vieilles versions de Jmol ne peuvent plus fonctionner. Il faut mettre à jour Jmol sur le serveur wims (ce qui est fait lorsque l’on a mis à jour WIMS et compilé avec l’option –jmol).
      D’autre part, l’usage serait plutôt de se servir de cette fonctionnalité uniquement pour développer ton module. Mais une fois terminé il est plus prudent de sauver et mettre les structures dans le module.
      De cette façon, ton module reste indépendant des évolutions futures du serveur de code SMILES.
      Si ton exercice construit des codes smiles à la volée évidemment c’est plus difficile

      Bonne journée à toi aussi.

      Yves

    • #3399
      Colonna
      Participant
      Up
      0
      Down

      Merci, Yves, pour ton retour supersonique !

      Effectivement, pour la plupart des exos concernés, je crée les molécules à la volée en tirant au sort les groupements… D’où le recours aux codes SMILES.

      De plus, avec les fichiers .mol, j’ai des soucis pour faire apparaitre la stéréochimie (les carbones asymétriques avec un H sortent plans, bizarrement… Alors qu’avec les SMILES, ça marchait bien).

      Bonne soirée et encore merci !

      Claire

Vous lisez 2 fils de discussion
  • Vous devez être connecté pour répondre à ce sujet.