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3138 bpr 1 
type=chemistry
2 
textarea="data"
3 
 
4 
:Sélectionner certains atomes d'une molécule
5 
 
6 
On présente une molécule dans l'applet Jmol et on demande de sélectionner
7 
certains atomes
8 
<p>
9 
Pour construire un exercice avec ce modèle, il suffit de donner le fichier
10 
de structure et d'indiquer les atomes devant être sélectionner.
11 
 
12 
<p>
13 
Auteurs du modèle : Yves Noël et Bernadette Perrin-Riou <yves.noel@upmc.fr>
14 
 
15 
:%%%%%%%%%%%%%%%%%      ATTENTION      %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
16 
 
17 
Enlevez l'en-tête ci-dessus si vous détruisez les balises pour le modèle !
18 
(Ce sont les lignes qui commencent par un ':'.)
19 
Sinon l'exercice risque de ne pas pouvoir repasser sous Createxo.
20 
 
21 
:%%%%%%%% Paramètres d'exemples à redéfinir %%%%%%%%%%%%%%%%%
22 
 
23 
:\title{Jmol}
24 
:\author{Yves Noël et Bernadette Perrin-Riou}
25 
:\email{yves.noel@upmc.fr}
26 
 
27 
:Fichier MDMol
28 
\text{file=xxx
29 
Jmol version 11.7.31  2009-03-28 16:42
30 
EXTRACT: visible
31 
 24 25  0  0  0
32 
 -3.380413 -1.127236 0.5733036 H
33 
 0.9668296 -1.073742 -0.819822 N
34 
 0.0567293 0.8527195 0.3923156 C
35 
 -1.375174 -1.021224 -0.057055 N
36 
 -1.261501 0.2590713 0.5234135 C
37 
 -0.306833 -1.683633 -0.716934 C
38 
 1.1394234 0.1874122 -0.27009  C
39 
 0.5602627 2.0839095 0.8251589 N
40 
 -0.492679 -2.818055 -1.209473 O
41 
 -2.632807 -1.730396 -0.006095 C
42 
 -2.230133 0.7988624 1.089973  O
43 
 2.549699  2.9734976 0.6229589 H
44 
 2.0527434 -1.736088 -1.493128 C
45 
 -2.480771 -2.726952 0.4882631 H
46 
 -3.008904 -1.902525 -1.049802 H
47 
 2.9176102 -1.848151 -0.785786 H
48 
 2.378786  -1.121191 -2.374365 H
49 
 1.7189878 -2.748991 -1.843920 H
50 
 -0.151845 3.0970047 1.5348347 C
51 
 1.8934095 2.1181242 0.4193193 C
52 
 2.2861252 0.9968439 -0.244029 N
53 
 -0.168702 4.043655  0.9301094 H
54 
 0.3535322 3.297906  2.5177748 H
55 
 -1.207449 2.7537594 1.7203048 H
56 
 24 19  1
57 
 22 19  1
58 
 20 21  1
59 
 20 12  1
60 
 19 23  1
61 
 19  8  1
62 
 18 13  1
63 
 15 10  1
64 
 13 17  1
65 
 13 16  1
66 
 11  5  1
67 
 10 14  1
68 
 10  4  1
69 
  9  6  1
70 
  8 20  1
71 
  7 21  1
72 
  6  2  1
73 
  5  3  1
74 
  4  6  1
75 
  4  5  1
76 
  3  7  1
77 
  3  8  1
78 
  2 13  1
79 
  2  7  1
80 
  1 10  1
81 
}
82 
 
83 
:Les atomes sur lequels il faut cliquer (une des lignes sera prise au hasard)
84 
\matrix{atom=_N
85 
_O
86 
_C}
87 
 
88 
:Le texte de l'instruction spécifique à chaque ligne précédente
89 
\matrix{instruction=d'azote.
90 
d'oxygène.
91 
de carbone.}
92 
 
93 
:La taille de l'applet, en pixels, x fois y.
94 
 
95 
\text{size1=200x200}
96 
 
97 
 
98 
:Texte avant l'applet
99 
\text{pre=Sélectionner tous les atomes}
100 
 
101 
:Texte après l'applet
102 
\text{post=<i>Vérifiez que le zoom de votre navigateur est sur la taille normale.
103 
</i>}
104 
 
105 
%%%%%
106 
\text{cnt=\atom[;1]}
107 
\integer{cnt=items(\cnt)}
108 
\text{sel=randint(1..\cnt)}
109 
\text{atom=\atom[\sel;]}
110 
\statement{\pre \instruction[\sel;]
111 
<center>
112 
\embed{reply 1, \size}
113 
</center>
114 
\post
115 
}
116 
 
117 
:%%%%%%%%%%%%% Rien à modifier ci-après. %%%%%%%%%%%%%%%%%5
118 
 
119 
\answer{}{\atom;\file}{type=jmolclick}