Subversion Repositories wimsdev

/*

    Sketch Elements: Chemistry molecular diagram drawing tool.

    (c) 2005 Dr. Alex M. Clark

    Released as GNUware, under the Gnu Public License (GPL)

    See www.gnu.org for details.

*/

package WIMSchem;

import java.util.*;

import java.text.*;

import java.awt.*;

import java.awt.geom.*;

import java.awt.event.*;

import javax.swing.*;

import javax.swing.event.*;

/*

    A dialog box which allows tabulated editing of molecular data, as an alternative to doing all editing graphically.

*/

public class DialogEdit extends JDialog implements ActionListener

{

    Molecule mol,retMol=null;

    ArrayList<Integer> aselidx,bselidx;

    JTabbedPane tabs;

    JButton accept,reject;

    JTable atoms,bonds;

    static final String BOND_TYPES[]={"Normal","Inclined","Declined","Unknown"};

    public DialogEdit(Frame Parent,Molecule Mol,ArrayList<Integer> SelIdx)

    {

        super(Parent,"Edit Molecule",true);

        mol=Mol.clone();

        aselidx=SelIdx;

        bselidx=new ArrayList<Integer>();

        for (int n=1;n<=mol.numBonds();n++) if (aselidx.indexOf(mol.bondFrom(n))>=0 && aselidx.indexOf(mol.bondTo(n))>=0) bselidx.add(n);

        setLayout(new BorderLayout());

        atoms=new JTable(compileAtomData(),new String[]{"#","El","X","Y","Charge","Unpaired","HExplicit","MapNum"})

            {public boolean isCellEditable(int row,int column) {return column>0;}};

        bonds=new JTable(compileBondData(),new String[]{"#","From","To","Order","Type"})

            {public boolean isCellEditable(int row,int column) {return column>2;}};

        atoms.getColumnModel().getColumn(0).setCellEditor(null);

        JComboBox bondTypes=new JComboBox();

        for (int n=0;n<BOND_TYPES.length;n++) bondTypes.addItem(BOND_TYPES[n]);

        bonds.getColumnModel().getColumn(4).setCellEditor(new DefaultCellEditor(bondTypes));

        JPanel tabAtoms=new JPanel(),tabBonds=new JPanel();

        tabAtoms.setLayout(new BorderLayout());

        tabBonds.setLayout(new BorderLayout());

        atoms.setPreferredScrollableViewportSize(new Dimension(350,200));

        bonds.setPreferredScrollableViewportSize(new Dimension(350,200));

        tabAtoms.add(new JScrollPane(atoms));

        tabBonds.add(new JScrollPane(bonds));

        tabs=new JTabbedPane();

        tabs.addTab("Atoms",tabAtoms);

        tabs.addTab("Bonds",tabBonds);

        add(tabs,BorderLayout.CENTER);

        JPanel buttons=new JPanel();

        buttons.setLayout(new FlowLayout(FlowLayout.RIGHT));

        accept=new JButton("Accept"); accept.addActionListener(this); accept.setMnemonic(KeyEvent.VK_A);

        reject=new JButton("Reject"); reject.addActionListener(this); reject.setMnemonic(KeyEvent.VK_R);

        buttons.add(accept);

        buttons.add(reject);

        add(buttons,BorderLayout.SOUTH);

        pack();

    }

    public Molecule exec()

    {

        setVisible(true);

        return retMol;

    }

    public void actionPerformed(ActionEvent e)

    {

        if (e.getSource()==accept)

        {

            if (!ReadData()) return;

            retMol=mol;

            setVisible(false);

        }

        if (e.getSource()==reject) setVisible(false);

    }

    private Object[][] compileAtomData()

    {

        Object[][] data=new Object[aselidx.size()][];

        DecimalFormat fmt = new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));

        for (int n=0;n<aselidx.size();n++)

        {

            int i=aselidx.get(n).intValue();

            Object[] da=new Object[8];

            da[0]=new Integer(i);

            da[1]=new String(mol.atomElement(i));

            da[2]=fmt.format(mol.atomX(i));

            da[3]=fmt.format(mol.atomY(i));

            da[4]=String.valueOf(mol.atomCharge(i));

            da[5]=String.valueOf(mol.atomUnpaired(i));

            da[6]=mol.atomHExplicit(i)==Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN ? "?" : String.valueOf(mol.atomHExplicit(i));

            da[7]=String.valueOf(mol.atomMapNum(i));

            data[n]=da;

        }

        return data;

    }

    private Object[][] compileBondData()

    {

        Object[][] data=new Object[bselidx.size()][];

        for (int n=0;n<bselidx.size();n++)

        {

            int i=bselidx.get(n).intValue();

            Object[] db=new Object[5];

            db[0]=new Integer(i);

            db[1]=new Integer(mol.bondFrom(i));

            db[2]=new Integer(mol.bondTo(i));

            db[3]=String.valueOf(mol.bondOrder(i));

            db[4]=new String(BOND_TYPES[mol.bondType(i)]);

            data[n]=db;

        }

        return data;

    }

    private boolean ReadData()

    {

        for (int n=0;n<atoms.getRowCount();n++)

        {

            int i=(Integer)atoms.getValueAt(n,0);

            mol.setAtomElement(i,(String)atoms.getValueAt(n,1));

            mol.setAtomPos(i,Util.safeDouble((String)atoms.getValueAt(n,2)),Util.safeDouble((String)atoms.getValueAt(n,3)));

            mol.setAtomCharge(i,Util.safeInt((String)atoms.getValueAt(n,4)));

            mol.setAtomUnpaired(i,Util.safeInt((String)atoms.getValueAt(n,5)));

            String hyStr=(String)atoms.getValueAt(n,6);

            int hy=Util.safeInt(hyStr);

            mol.setAtomHExplicit(i,hyStr.compareTo("0")==0 ? 0 : hy>0 ? hy : Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN);

            mol.setAtomMapNum(i,Util.safeInt((String)atoms.getValueAt(n,7)));

        }

        for (int n=0;n<bonds.getRowCount();n++)

        {

            int i=(Integer)bonds.getValueAt(n,0);

            mol.setBondOrder(i,new Integer((String)bonds.getValueAt(n,3)).intValue());

            int type;

            for (int j=BOND_TYPES.length-1;j>=0;j--) if (BOND_TYPES[j].compareTo((String)bonds.getValueAt(n,4))==0)

                {mol.setBondType(i,j); break;}

        }

        return true;

    }

}