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Rev 7196 Rev 7246
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19 
/*
 19 
/*
20 
    Handles reading and writing of molecules to and from streams. Two formats are supported: native, which is a direct translation of
 20 
    Handles reading and writing of molecules to and from streams. Two formats are supported: native, which is a direct translation of
21 
    the underlying data content; and a subset of MDL MOL, using only the fields that are relevant to WIMSchem.
 21 
    the underlying data content; and a subset of MDL MOL, using only the fields that are relevant to WIMSchem.
22 
*/
 22 
*/
23 
 
 23 
 
24 
public class MoleculeStream{
 24 
public class MoleculeStream
25 
 
 - 
 
26 
 
 25 
{
27 
    // special implementation of the reader for when the format is not known a-priori, or might be a combination-of-two formats
 26 
    // special implementation of the reader for when the format is not known a-priori, or might be a combination-of-two formats
28 
    // as used by the clipboard; do some extra work to try to pull out the WIMSchem file preferentially
 27 
    // as used by the clipboard; do some extra work to try to pull out the WIMSchem file preferentially
29 
    public static Molecule ReadUnknown(InputStream istr) throws IOException
 28 
    public static Molecule readUnknown(InputStream istr) throws IOException
30 
    {
 29 
    {
31 
        return ReadUnknown(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
 30 
        return readUnknown(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
32 
    }
 31 
    }
33 
   
 32 
   
34 
    public static Molecule ReadUnknown(BufferedReader in) throws IOException
 33 
    public static Molecule readUnknown(BufferedReader in) throws IOException
35 
    {
 34 
    {
36 
        Molecule mdlmol=null,elmol=null;
 35 
        Molecule mdlmol=null,elmol=null;
37 
        final int BUFFMAX=100000;
 36 
        final int BUFFMAX=100000;
38 
        in.mark(BUFFMAX);
 37 
        in.mark(BUFFMAX);
39 
        try
 38 
        try
40 
        {
 39 
        {
41 
            mdlmol=ReadMDLMOL(in);
 40 
            mdlmol=readMDLMOL(in);
42 
            if (mdlmol!=null) in.mark(BUFFMAX); // so the WIMSchem version could follow
 41 
            if (mdlmol!=null) in.mark(BUFFMAX); // so the WIMSchem version could follow
43 
        }
 42 
        }
44 
        catch (IOException e)
 43 
        catch (IOException e)
45 
        {
 44 
        {
46 
            mdlmol=null;
 45 
            mdlmol=null;
47 
            in.reset();
 46 
            in.reset();
48 
        }
 47 
        }
49 
       
 48 
       
50 
        try
 49 
        try
51 
        {
 50 
        {
52 
            elmol=ReadNative(in);
 51 
            elmol=readNative(in);
53 
        }
 52 
        }
54 
        catch (IOException e) {elmol=null;}
 53 
        catch (IOException e) {elmol=null;}
55 
       
 54 
       
56 
        if (elmol!=null) return elmol;
 55 
        if (elmol!=null) return elmol;
57 
        if (mdlmol!=null) return mdlmol;
 56 
        if (mdlmol!=null) return mdlmol;
58 
       
 57 
       
59 
        throw new IOException("Unknown or invalid format.");
 58 
        throw new IOException("Unknown or invalid format.");
60 
    }
 59 
    }
61 
 
 60 
 
62 
    public static Molecule ReadNative(InputStream istr) throws IOException
 61 
    public static Molecule readNative(InputStream istr) throws IOException
63 
    {
 62 
    {
64 
        return ReadNative(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
 63 
        return readNative(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
65 
    }
 64 
    }
66 
    public static Molecule ReadNative(BufferedReader in) throws IOException
 65 
    public static Molecule readNative(BufferedReader in) throws IOException
67 
    {
 66 
    {
68 
        Molecule mol=new Molecule();
 67 
        Molecule mol=new Molecule();
69 
        final String GENERIC_ERROR="Invalid WIMSchem file.";
 68 
        final String GENERIC_ERROR="Invalid WIMSchem file.";
70 
       
 69 
       
71 
        try
 70 
        try
72 
        {
 71 
        {
73 
            String line=in.readLine();
 72 
            String line=in.readLine();
74 
            if (!line.startsWith("WIMSchem!")) throw new IOException("Not a WIMSchem file.");
 73 
            if (!line.startsWith("SketchEl!") && !line.startsWith("WIMSchem!")) throw new IOException("Not a WIMSchem file...could not find start tag \"SketchEl!\"");
75 
            int p1=line.indexOf('('),p2=line.indexOf(','),p3=line.indexOf(')');
 74 
            int p1=line.indexOf('('),p2=line.indexOf(','),p3=line.indexOf(')');
76 
            if (p1==0 || p2==0 || p3==0) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 75 
            if (p1==0 || p2==0 || p3==0) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
77 
       
 76 
       
78 
            int numAtoms=Integer.parseInt(line.substring(p1+1,p2).trim());
 77 
            int numAtoms=Integer.parseInt(line.substring(p1+1,p2).trim());
79 
            int numBonds=Integer.parseInt(line.substring(p2+1,p3).trim());
 78 
            int numBonds=Integer.parseInt(line.substring(p2+1,p3).trim());
80 
            for (int n=0;n<numAtoms;n++)
 79 
            for (int n=0;n<numAtoms;n++)
81 
        {
 80 
            {
82 
                line=in.readLine();
 81 
                line=in.readLine();
83 
                String[] bits=line.split("[\\=\\,\\;]");
 82 
                String[] bits=line.split("[\\=\\,\\;]");
84 
                if (bits.length<5) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 83 
                if (bits.length<5) throw new IOException("WIMSchem format error: to few arguments in atomsection  line"+n);
85 
                int num=mol.AddAtom(bits[0],Double.parseDouble(bits[1].trim()),Double.parseDouble(bits[2].trim()),
 84 
                int num=mol.addAtom(bits[0],Double.parseDouble(bits[1].trim()),Double.parseDouble(bits[2].trim()),
86 
                                    Integer.parseInt(bits[3].trim()),Integer.parseInt(bits[4].trim()));
 85 
                                    Integer.parseInt(bits[3].trim()),Integer.parseInt(bits[4].trim()));
87 
                for (int i=5;i<bits.length;i++) if (bits[i].length()>0)
 86 
                for (int i=5;i<bits.length;i++) if (bits[i].length()>0)
88 
                {
 87 
                {
89 
                    if (bits[i].charAt(0)=='e') mol.SetAtomHExplicit(num,Integer.parseInt(bits[i].substring(1)));
 88 
                    if (bits[i].charAt(0)=='e') mol.setAtomHExplicit(num,Integer.parseInt(bits[i].substring(1)));
90 
                    else if (bits[i].charAt(0)=='n') mol.SetAtomMapNum(num,Integer.parseInt(bits[i].substring(1)));
 89 
                    else if (bits[i].charAt(0)=='n') mol.setAtomMapNum(num,Integer.parseInt(bits[i].substring(1)));
91 
                }
 90 
                }
92 
            }
 91 
            }
93 
            for (int n=0;n<numBonds;n++)
 92 
            for (int n=0;n<numBonds;n++)
94 
            {
 93 
            {
95 
                line=in.readLine();
 94 
                line=in.readLine();
96 
                String[] bits=line.split("[\\-\\=\\,]");
 95 
                String[] bits=line.split("[\\-\\=\\,]");
97 
                if (bits.length<4) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 96 
                if (bits.length<4) throw new IOException("WIMSchem fromat error : to few aguments in bondsection line "+n);
98 
                mol.AddBond(Integer.parseInt(bits[0].trim()),Integer.parseInt(bits[1].trim()),
 97 
                mol.addBond(Integer.parseInt(bits[0].trim()),Integer.parseInt(bits[1].trim()),
99 
                            Integer.parseInt(bits[2].trim()),Integer.parseInt(bits[3].trim()));
 98 
                            Integer.parseInt(bits[2].trim()),Integer.parseInt(bits[3].trim()));
100 
            }
 99 
            }
101 
            line=in.readLine();
 100 
            line=in.readLine();
102 
            if (line.compareTo("!FIN")!=0) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 101 
            if (line.compareTo("!End")!=0 && line.compareTo("!FIN")!=0) throw new IOException("could not find the end tag \"!End\"");
103 
        }
 102 
        }
104 
        catch (Exception e)
 103 
        catch (Exception e)
105 
        {
 104 
        {
106 
            throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 105 
            throw new IOException(GENERIC_ERROR);
107 
        }
 106 
        }
108 
 
 107 
 
109 
        return mol;
 108 
        return mol;
110 
    }
 109 
    }
111 
   
 110 
   
112 
    public static void WriteNative(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
 111 
    public static void writeNative(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
113 
    {
 112 
    {
114 
        WriteNative(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
 113 
        writeNative(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
115 
    }
 114 
    }
116 
    public static void WriteNative(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
 115 
    public static void writeNative(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
117 
    {
 116 
    {
118 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
 117 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000");
119 
 
 118 
       
120 
        out.write("WIMSchem!("+mol.NumAtoms()+","+mol.NumBonds()+")\n");
 119 
        out.write("SketchEl!("+mol.numAtoms()+","+mol.numBonds()+")\n");
121 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 120 
        for (int n=1;n<=mol.numAtoms();n++)
122 
        {
 121 
        {
123 
            String hy=mol.AtomHExplicit(n)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN ? ("e"+mol.AtomHExplicit(n)) : ("i"+mol.AtomHydrogens(n));
 122 
            String hy=mol.atomHExplicit(n)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN ? ("e"+mol.atomHExplicit(n)) : ("i"+mol.atomHydrogens(n));
124 
            out.write(mol.AtomElement(n)+"="+fmt.format(mol.AtomX(n))+","+fmt.format(mol.AtomY(n))+";"+
 123 
            out.write(mol.atomElement(n)+"="+fmt.format(mol.atomX(n))+","+fmt.format(mol.atomY(n))+";"+
125 
                                                                        mol.AtomCharge(n)+","+mol.AtomUnpaired(n)+","+hy);
 124 
                                                                        mol.atomCharge(n)+","+mol.atomUnpaired(n)+","+hy);
126 
            if (mol.AtomMapNum(n)>0) out.write(",n"+mol.AtomMapNum(n));
 125 
            if (mol.atomMapNum(n)>0) out.write(",n"+mol.atomMapNum(n));
127 
            out.write("\n");
 126 
            out.write("\n");
128 
        }
 127 
        }
129 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 - 
 
130 
        {
 - 
 
131 
            out.write(mol.BondFrom(n)+"-"+mol.BondTo(n)+"="+mol.BondOrder(n)+","+mol.BondType(n)+"\n");
 - 
 
132 
        }
 - 
 
133 
        out.write("!FIN\n");
 - 
 
134 
       
 - 
 
135 
        out.flush();
 - 
 
136 
    }
 - 
 
137 
 
 - 
 
138 
    // jm.evers
 - 
 
139 
    // testing with a "convenient way to produce a "Native string" to be used as wims $variable in javascript.
- 
 
140 
    public static void WriteNative2JavaScript(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException {
 - 
 
141 
        WriteNative2JavaScript(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
 - 
 
142 
    }
 - 
 
143 
    public static void WriteNative2JavaScript(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException {
 - 
 
144 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
 - 
 
145 
       
 - 
 
146 
        out.write("\"WIMSchem!("+mol.NumAtoms()+","+mol.NumBonds()+")\\n\"+");
 - 
 
147 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 - 
 
148 
        {
 - 
 
149 
            String hy=mol.AtomHExplicit(n)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN ? ("e"+mol.AtomHExplicit(n)) : ("i"+mol.AtomHydrogens(n));
 - 
 
150 
            out.write("\""+mol.AtomElement(n)+"="+fmt.format(mol.AtomX(n))+","+fmt.format(mol.AtomY(n))+";"+
 - 
 
151 
                                                                        mol.AtomCharge(n)+","+mol.AtomUnpaired(n)+","+hy);
 - 
 
152 
            if (mol.AtomMapNum(n)>0) out.write(",n"+mol.AtomMapNum(n));
 - 
 
153 
            out.write("\\n\"+");
 - 
 
154 
        }
 - 
 
155 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 - 
 
156 
        {
 - 
 
157 
            out.write("\""+mol.BondFrom(n)+"-"+mol.BondTo(n)+"="+mol.BondOrder(n)+","+mol.BondType(n)+"\\n\"+");
 - 
 
158 
        }
 - 
 
159 
        out.write("\"!FIN\"");
 - 
 
160 
       
 - 
 
161 
        out.flush();
 - 
 
162 
    }
 - 
 
163 
   
 - 
 
164 
    // jm.evers
 - 
 
165 
    // testing with a "convenient way to produce a "MDLMol string" to be used as wims $variable in javascript.
- 
 
166 
    public static void WriteMDLMol2JavaScript(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException {
 - 
 
167 
        WriteMDLMol2JavaScript(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
 - 
 
168 
    }
 - 
 
169 
    public static void WriteMDLMol2JavaScript(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException {
 - 
 
170 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
 - 
 
171 
        out.write("\"\\nWIMSchem molfile\\n\\n\"+");
 - 
 
172 
        out.write("\""+intrpad(mol.NumAtoms(),3)+intrpad(mol.NumBonds(),3)+"  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\\n\"+");
 - 
 
173 
        String line;
 - 
 
174 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 - 
 
175 
        {
 - 
 
176 
            String str="\"   "+fmt.format(mol.AtomX(n));
 - 
 
177 
            line=rep(" ",10-str.length())+str;
 - 
 
178 
            str=fmt.format(mol.AtomY(n));
 - 
 
179 
            line+=rep(" ",10-str.length())+str;
 - 
 
180 
            line+="    0.0000 ";
 - 
 
181 
            str=mol.AtomElement(n);
 - 
 
182 
            line+=str+rep(" ",4-str.length())+"0";
 - 
 
183 
           
 - 
 
184 
            int chg=mol.AtomCharge(n),spin=mol.AtomUnpaired(n),mapnum=mol.AtomMapNum(n);
 - 
 
185 
            if (chg>=-3 && chg<=-1) chg=4-chg;
 - 
 
186 
            else if (chg==0 && spin==2) chg=4;
 - 
 
187 
            else if (chg<1 || chg>3) chg=0;
 - 
 
188 
            line+=intrpad(chg,3)+"  0  0  0  0  0  0  0"+intrpad(mapnum,3)+"  0  0";
 - 
 
189 
           
 - 
 
190 
            out.write(line+"\\n\"+");
 - 
 
191 
        }
 - 
 
192 
       
 - 
 
193 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 128 
        for (int n=1;n<=mol.numBonds();n++)
194 
        {
 - 
 
195 
            int type=mol.BondOrder(n);
 - 
 
196 
            if (type<1 || type>3) type=1;
 - 
 
197 
            int stereo=mol.BondType(n);
 - 
 
198 
            if (stereo==Molecule.BONDTYPE_NORMAL) {}
 - 
 
199 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_INCLINED) {stereo=1; type=1;}
 - 
 
200 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_DECLINED) {stereo=6; type=1;}
 - 
 
201 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_UNKNOWN) {stereo=4; type=1;}
 - 
 
202 
            else stereo=0;
 - 
 
203 
 
 - 
 
204 
            out.write("\""+intrpad(mol.BondFrom(n),3)+intrpad(mol.BondTo(n),3)+intrpad(type,3)+intrpad(stereo,3)+"  0  0  0\\n\"+");
 - 
 
205 
        }
 - 
 
206 
       
 - 
 
207 
        int count=0;
 - 
 
208 
        line="";
 - 
 
209 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++) if (mol.AtomCharge(n)!=0)
 - 
 
210 
        {
 - 
 
211 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.AtomCharge(n),4);
 - 
 
212 
            count++;
 - 
 
213 
            if (count==8)
 - 
 
214 
            {
 - 
 
215 
                out.write("\"M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\\n\"+");
 - 
 
216 
                count=0; line="";
 - 
 
217 
            }
 - 
 
218 
        }
 - 
 
219 
        if (count>0) out.write("\"M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\\n\"+");
 - 
 
220 
       
 - 
 
221 
        count=0;
 - 
 
222 
        line="";
 - 
 
223 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++) if (mol.AtomUnpaired(n)!=0)
 - 
 
224 
        {
 129 
        {
225 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.AtomUnpaired(n),4);
 - 
 
226 
            count++;
 - 
 
227 
            if (count==8)
 - 
 
228 
            {
 - 
 
229 
                out.write("\"M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\\n\"+");
 130 
            out.write(mol.bondFrom(n)+"-"+mol.bondTo(n)+"="+mol.bondOrder(n)+","+mol.bondType(n)+"\n");
230 
                count=0; line="";
 - 
 
231 
            }
 - 
 
232 
        }
 131 
        }
233 
        if (count>0) out.write("\"M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\\n\"");
 132 
        out.write("!End\n");
234 
       
 133 
       
235 
        out.write("\"M  END\\n\"");
 - 
 
236 
        out.flush();
 134 
        out.flush();
237 
    }
 135 
    }
238 
   
 - 
 
239 
 
 - 
 
240 
    //jm.evers
 - 
 
241 
    // converting a molecule to a string in native fileformat.Used for comparing MDLMol js-string with student drawing
 - 
 
242 
    public static String Molecule2String(Molecule mol) throws IOException {
 - 
 
243 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
 - 
 
244 
        String i="WIMSchem!("+mol.NumAtoms()+","+mol.NumBonds()+")\n";
 - 
 
245 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 - 
 
246 
        {
 - 
 
247 
            String hy=mol.AtomHExplicit(n)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN ? ("e"+mol.AtomHExplicit(n)) : ("i"+mol.AtomHydrogens(n));
 - 
 
248 
            i=i+mol.AtomElement(n)+"="+fmt.format(mol.AtomX(n))+","+fmt.format(mol.AtomY(n))+";"+mol.AtomCharge(n)+","+mol.AtomUnpaired(n)+","+hy;
 - 
 
249 
            if (mol.AtomMapNum(n)>0) i=i+",n"+mol.AtomMapNum(n);
 - 
 
250 
            i=i+"\n";
 - 
 
251 
        }
 - 
 
252 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 - 
 
253 
        {
 - 
 
254 
            i=i+mol.BondFrom(n)+"-"+mol.BondTo(n)+"="+mol.BondOrder(n)+","+mol.BondType(n)+"\n";
 - 
 
255 
        }
 - 
 
256 
        i=i+"!FIN\n";
 - 
 
257 
        return i;
 - 
 
258 
    }
 - 
 
259 
 
 - 
 
260 
 
 - 
 
261 
 
 136 
 
262 
    public static Molecule ReadMDLMOL(BufferedReader in) throws IOException
 137 
    public static Molecule readMDLMOL(BufferedReader in) throws IOException
263 
    {
 138 
    {
264 
        Molecule mol=new Molecule();
 139 
        Molecule mol=new Molecule();
265 
        final String GENERIC_ERROR="Invalid MDL MOL file.";
 140 
        final String GENERIC_ERROR="Invalid MDL MOL file.";
266 
 
 141 
 
267 
        try
 142 
        try
Line 272... Line 147...
272 
            int numAtoms=Integer.parseInt(line.substring(0,3).trim());
 147 
            int numAtoms=Integer.parseInt(line.substring(0,3).trim());
273 
            int numBonds=Integer.parseInt(line.substring(3,6).trim());
 148 
            int numBonds=Integer.parseInt(line.substring(3,6).trim());
274 
            for (int n=0;n<numAtoms;n++)
 149 
            for (int n=0;n<numAtoms;n++)
275 
            {
 150 
            {
276 
                line=in.readLine();
 151 
                line=in.readLine();
277 
               
 - 
 
278 
                double x=Double.parseDouble(line.substring(0,10).trim());
 152 
                double x=Double.parseDouble(line.substring(0,10).trim());
279 
                double y=Double.parseDouble(line.substring(10,20).trim());
 153 
                double y=Double.parseDouble(line.substring(10,20).trim());
280 
                String el=line.substring(31,34).trim();
 154 
                String el=line.substring(31,34).trim();
281 
                int chg=Integer.parseInt(line.substring(36,39).trim()),rad=0;
 155 
                int chg=Integer.parseInt(line.substring(36,39).trim()),rad=0;
282 
                int mapnum=Integer.parseInt(line.substring(60,63).trim());
 156 
                int mapnum=Integer.parseInt(line.substring(60,63).trim());
283 
               
 - 
 
284 
                if (chg<=3) {}
 157 
                if (chg<=3) {}
285 
                else if (chg==4) {chg=0; rad=2;}
 158 
                else if (chg==4) {chg=0; rad=2;}
286 
                else chg=4-chg;
 159 
                else chg=4-chg;
287 
                               
 - 
 
288 
                mol.AddAtom(el,x,y,chg,rad);
 160 
                mol.addAtom(el,x,y,chg,rad);
289 
                mol.SetAtomMapNum(mol.NumAtoms(),mapnum);
 161 
                mol.setAtomMapNum(mol.numAtoms(),mapnum);
290 
            }
 162 
            }
291 
            for (int n=0;n<numBonds;n++)
 163 
            for (int n=0;n<numBonds;n++)
292 
            {
 164 
            {
293 
                line=in.readLine();
 165 
                line=in.readLine();
294 
               
 - 
 
295 
                int from=Integer.parseInt(line.substring(0,3).trim()),to=Integer.parseInt(line.substring(3,6).trim());
 166 
                int from=Integer.parseInt(line.substring(0,3).trim()),to=Integer.parseInt(line.substring(3,6).trim());
296 
                int type=Integer.parseInt(line.substring(6,9).trim()),stereo=Integer.parseInt(line.substring(9,12).trim());
 167 
                int type=Integer.parseInt(line.substring(6,9).trim()),stereo=Integer.parseInt(line.substring(9,12).trim());
297 
               
 - 
 
298 
                if (from==to || from<1 || from>numAtoms || to<1 || to>numAtoms) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
 168 
                if (from==to || from<1 || from>numAtoms || to<1 || to>numAtoms) throw new IOException(GENERIC_ERROR);
299 
               
 - 
 
300 
                int order=type>=1 && type<=3 ? type : 1;
 169 
                int order=type>=1 && type<=3 ? type : 1;
301 
                int style=Molecule.BONDTYPE_NORMAL;
 170 
                int style=Molecule.BONDTYPE_NORMAL;
302 
                if (stereo==1) style=Molecule.BONDTYPE_INCLINED;
 171 
                if (stereo==1) style=Molecule.BONDTYPE_INCLINED;
303 
                else if (stereo==6) style=Molecule.BONDTYPE_DECLINED;
 172 
                else if (stereo==6) style=Molecule.BONDTYPE_DECLINED;
304 
                // !! supposed to be for double bonds... else if (stereo==3 || stereo==4) style=Molecule.BONDTYPE_UNKNOWN;
 173 
                // !! supposed to be for double bonds... else if (stereo==3 || stereo==4) style=Molecule.BONDTYPE_UNKNOWN;
305 
 
 - 
 
306 
                mol.AddBond(from,to,order,style);
 174 
                mol.addBond(from,to,order,style);
307 
            }
 175 
            }
308 
            while (true)
 176 
            while (true)
309 
            {
 177 
            {
310 
                line=in.readLine();
 178 
                line=in.readLine();
311 
                if (line.startsWith("M  END")) break;
 179 
                if (line.startsWith("M  END")) break;
312 
               
 - 
 
313 
                int type=0;
 180 
                int type=0;
314 
                if (line.startsWith("M  CHG")) type=1;
 181 
                if (line.startsWith("M  CHG")) type=1;
315 
                else if (line.startsWith("M  RAD")) type=2;
 182 
                else if (line.startsWith("M  RAD")) type=2;
- 
 
 183 
                else if (line.startsWith("M  RGP")) type=3;
- 
 
 184 
               
316 
                if (type>0)
 185 
                if (type>0)
317 
                {
 186 
                {
318 
                    int len=Integer.parseInt(line.substring(6,9).trim());
 187 
                    int len=Integer.parseInt(line.substring(6,9).trim());
319 
                    for (int n=0;n<len;n++)
 188 
                    for (int n=0;n<len;n++)
320 
                    {
 189 
                    {
321 
                        int apos=Integer.parseInt(line.substring(9+8*n,13+8*n).trim());
 190 
                        int apos=Integer.parseInt(line.substring(9+8*n,13+8*n).trim());
322 
                        int aval=Integer.parseInt(line.substring(13+8*n,17+8*n).trim());
 191 
                        int aval=Integer.parseInt(line.substring(13+8*n,17+8*n).trim());
- 
 
 192 
                        if (apos<1 || apos>mol.numAtoms()) continue;
- 
 
 193 
                       
323 
                        if (type==1) mol.SetAtomCharge(apos,aval); else mol.SetAtomUnpaired(apos,aval);
 194 
                        if (type==1) mol.setAtomCharge(apos,aval);
- 
 
 195 
                        else if (type==2) mol.setAtomUnpaired(apos,aval);
- 
 
 196 
                        else if (type==3) mol.setAtomElement(apos,"R"+aval);
324 
                    }
 197 
                    }
325 
                }
 198 
                }
326 
            }
 199 
            }
327 
        }
 200 
        }
328 
        catch (Exception e) {throw new IOException(GENERIC_ERROR);}
 201 
        catch (Exception e) {throw new IOException(GENERIC_ERROR,e);}
329 
 
 202 
 
330 
        return mol;
 203 
        return mol;
331 
    }
 204 
    }
332 
   
 - 
 
333 
 
 205 
 
334 
    public static void WriteMDLMOL(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
 206 
    public static void writeMDLMOL(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
335 
    {
 207 
    {
336 
        WriteMDLMOL(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
 208 
        writeMDLMOL(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
337 
    }
 209 
    }
338 
    public static void WriteMDLMOL(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
 210 
    public static void writeMDLMOL(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
339 
    {
 211 
    {
340 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
 212 
        DecimalFormat fmt=new DecimalFormat("0.0000",new DecimalFormatSymbols(Locale.US));
- 
 
 213 
 
341 
        out.write("\nWIMSchem molfile\n\n");
 214 
        out.write("\nWIMSchem molfile\n\n");
342 
        out.write(intrpad(mol.NumAtoms(),3)+intrpad(mol.NumBonds(),3)+"  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n");
 215 
        out.write(intrpad(mol.numAtoms(),3)+intrpad(mol.numBonds(),3)+"  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n");
343 
       
 216 
       
344 
        String line;
 217 
        String line;
345 
       
 218 
       
- 
 
 219 
        int numRGroups=0,rgAtom[]=new int[mol.numAtoms()],rgNumber[]=new int[mol.numAtoms()];
- 
 
 220 
       
- 
 
 221 
        // export atoms, and make a few notes along the way
- 
 
 222 
       
346 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 223 
        for (int n=1;n<=mol.numAtoms();n++)
347 
        {
 224 
        {
348 
            String str=fmt.format(mol.AtomX(n));
 225 
            String str=fmt.format(mol.atomX(n));
349 
            line=rep(" ",10-str.length())+str;
 226 
            line=rep(" ",10-str.length())+str;
350 
            str=fmt.format(mol.AtomY(n));
 227 
            str=fmt.format(mol.atomY(n));
351 
            line+=rep(" ",10-str.length())+str;
 228 
            line+=rep(" ",10-str.length())+str;
352 
            line+="    0.0000 ";
 229 
            line+="    0.0000 ";
- 
 
 230 
 
353 
            str=mol.AtomElement(n);
 231 
            str=mol.atomElement(n);
- 
 
 232 
            if (str.length()>1 && str.charAt(0)=='R' && str.charAt(1)>='0' && str.charAt(1)<='9')
- 
 
 233 
            {
- 
 
 234 
                rgAtom[numRGroups]=n;
- 
 
 235 
                rgNumber[numRGroups]=Util.safeInt(str.substring(1));
- 
 
 236 
                numRGroups++;
- 
 
 237 
                str="R#";
- 
 
 238 
            }
354 
            line+=str+rep(" ",4-str.length())+"0";
 239 
            line+=str+rep(" ",4-str.length())+"0";
355 
           
 240 
           
356 
            int chg=mol.AtomCharge(n),spin=mol.AtomUnpaired(n),mapnum=mol.AtomMapNum(n);
 241 
            int chg=mol.atomCharge(n),spin=mol.atomUnpaired(n),mapnum=mol.atomMapNum(n);
357 
            if (chg>=-3 && chg<=-1) chg=4-chg;
 242 
            if (chg>=-3 && chg<=-1) chg=4-chg;
358 
            else if (chg==0 && spin==2) chg=4;
 243 
            else if (chg==0 && spin==2) chg=4;
359 
            else if (chg<1 || chg>3) chg=0;
 244 
            else if (chg<1 || chg>3) chg=0;
360 
            line+=intrpad(chg,3)+"  0  0  0  0  0  0  0"+intrpad(mapnum,3)+"  0  0";
 245 
            line+=intrpad(chg,3)+"  0  0  0  0  0  0  0"+intrpad(mapnum,3)+"  0  0";
361 
           
 246 
           
362 
            out.write(line+"\n");
 247 
            out.write(line+"\n");
363 
        }
 248 
        }
- 
 
 249 
       
- 
 
 250 
        // export bonds
364 
       
 251 
       
365 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 252 
        for (int n=1;n<=mol.numBonds();n++)
366 
        {
 253 
        {
367 
            int type=mol.BondOrder(n);
 254 
            int type=mol.bondOrder(n);
368 
            if (type<1 || type>3) type=1;
 255 
            if (type<1 || type>3) type=1;
369 
            int stereo=mol.BondType(n);
 256 
            int stereo=mol.bondType(n);
370 
            if (stereo==Molecule.BONDTYPE_NORMAL) {}
 257 
            if (stereo==Molecule.BONDTYPE_NORMAL) {}
371 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_INCLINED) {stereo=1; type=1;}
 258 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_INCLINED) {stereo=1; type=1;}
372 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_DECLINED) {stereo=6; type=1;}
 259 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_DECLINED) {stereo=6; type=1;}
373 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_UNKNOWN) {stereo=4; type=1;}
 260 
            else if (stereo==Molecule.BONDTYPE_UNKNOWN) {stereo=4; type=1;}
374 
            else stereo=0;
 261 
            else stereo=0;
375 
 
 262 
 
376 
            out.write(intrpad(mol.BondFrom(n),3)+intrpad(mol.BondTo(n),3)+intrpad(type,3)+intrpad(stereo,3)+"  0  0  0\n");
 263 
            out.write(intrpad(mol.bondFrom(n),3)+intrpad(mol.bondTo(n),3)+intrpad(type,3)+intrpad(stereo,3)+"  0  0  0\n");
377 
        }
 264 
        }
- 
 
 265 
       
- 
 
 266 
        // export charges
378 
       
 267 
       
379 
        int count=0;
 268 
        int count=0;
380 
        line="";
 269 
        line="";
381 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++) if (mol.AtomCharge(n)!=0)
 270 
        for (int n=1;n<=mol.numAtoms();n++) if (mol.atomCharge(n)!=0)
382 
        {
 271 
        {
383 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.AtomCharge(n),4);
 272 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.atomCharge(n),4);
384 
            count++;
 273 
            count++;
385 
            if (count==8)
 274 
            if (count==8)
386 
            {
 275 
            {
387 
                out.write("M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\n");
 276 
                out.write("M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\n");
388 
                count=0; line="";
 277 
                count=0; line="";
389 
            }
 278 
            }
390 
        }
 279 
        }
391 
        if (count>0) out.write("M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\n");
 280 
        if (count>0) out.write("M  CHG"+intrpad(count,3)+line+"\n");
392 
       
 281 
       
- 
 
 282 
        // export "unpaired" atom counts (aka radicals, sort of)
- 
 
 283 
       
393 
        count=0;
 284 
        count=0;
394 
        line="";
 285 
        line="";
395 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++) if (mol.AtomUnpaired(n)!=0)
 286 
        for (int n=1;n<=mol.numAtoms();n++) if (mol.atomUnpaired(n)!=0)
- 
 
 287 
        {
- 
 
 288 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.atomUnpaired(n),4);
- 
 
 289 
            count++;
- 
 
 290 
            if (count==8)
- 
 
 291 
            {
- 
 
 292 
                out.write("M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\n");
- 
 
 293 
                count=0; line="";
- 
 
 294 
            }
- 
 
 295 
        }
- 
 
 296 
        if (count>0) out.write("M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\n");
- 
 
 297 
       
- 
 
 298 
        // export R-group identifiers
- 
 
 299 
       
- 
 
 300 
        count=0;
- 
 
 301 
        line="";
- 
 
 302 
        for (int n=0;n<numRGroups;n++)
396 
        {
 303 
        {
397 
            line+=intrpad(n,4)+intrpad(mol.AtomUnpaired(n),4);
 304 
            line+=intrpad(rgAtom[n],4)+intrpad(rgNumber[n],4);
398 
            count++;
 305 
            count++;
399 
            if (count==8)
 306 
            if (count==8)
400 
            {
 307 
            {
401 
                out.write("M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\n");
 308 
                out.write("M  RGP"+intrpad(count,3)+line+"\n");
402 
                count=0; line="";
 309 
                count=0; line="";
403 
            }
 310 
            }
404 
        }
 311 
        }
405 
        if (count>0) out.write("M  RAD"+intrpad(count,3)+line+"\n");
 312 
        if (count>0) out.write("M  RGP"+intrpad(count,3)+line+"\n");
406 
       
 313 
       
407 
        out.write("M  END\n");
 314 
        out.write("M  END\n");
408 
        out.flush();
 315 
        out.flush();
409 
    }
 316 
    }
410 
   
 317 
   
411 
    public static void WriteCMLXML(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
 318 
    public static void writeCMLXML(OutputStream ostr,Molecule mol) throws IOException
412 
    {
 319 
    {
413 
        WriteCMLXML(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
 320 
        writeCMLXML(new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(ostr)),mol);
414 
    }
 321 
    }
415 
    public static void WriteCMLXML(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
 322 
    public static void writeCMLXML(BufferedWriter out,Molecule mol) throws IOException
416 
    {
 323 
    {
417 
        out.write("<cml>\n");
 324 
        out.write("<cml>\n");
418 
        out.write("  <molecule>\n");
 325 
        out.write("  <molecule>\n");
419 
 
 326 
 
420 
        out.write("    <atomArray>\n");
 327 
        out.write("    <atomArray>\n");
421 
        for (int n=1;n<=mol.NumAtoms();n++)
 328 
        for (int n=1;n<=mol.numAtoms();n++)
422 
        {
 329 
        {
423 
            out.write("      <atom id=\"a"+n+"\" elementType=\""+mol.AtomElement(n)+"\""+
 330 
            out.write("      <atom id=\"a"+n+"\" elementType=\""+mol.atomElement(n)+"\""+
424 
                                 " x2=\""+mol.AtomX(n)+"\" y2=\""+mol.AtomY(n)+"\" hydrogenCount=\""+mol.AtomHydrogens(n)+"\"/>\n");
 331 
                                 " x2=\""+mol.atomX(n)+"\" y2=\""+mol.atomY(n)+"\" hydrogenCount=\""+mol.atomHydrogens(n)+"\"/>\n");
425 
        }
 332 
        }
426 
        out.write("    </atomArray>\n");
 333 
        out.write("    </atomArray>\n");
427 
       
 334 
       
428 
        out.write("    <bondArray>\n");
 335 
        out.write("    <bondArray>\n");
429 
        for (int n=1;n<=mol.NumBonds();n++)
 336 
        for (int n=1;n<=mol.numBonds();n++)
430 
        {
 337 
        {
431 
            out.write("      <bond id=\"b"+n+"\" atomRefs2=\"a"+mol.BondFrom(n)+" a"+mol.BondTo(n)+"\" order=\""+mol.BondOrder(n)+"\"/>\n");
 338 
            out.write("      <bond id=\"b"+n+"\" atomRefs2=\"a"+mol.bondFrom(n)+" a"+mol.bondTo(n)+"\" order=\""+mol.bondOrder(n)+"\"/>\n");
432 
        }
 339 
        }
433 
        out.write("    </bondArray>\n");
 340 
        out.write("    </bondArray>\n");
434 
       
 341 
       
435 
        out.write("  </molecule>\n");
 342 
        out.write("  </molecule>\n");
436 
        out.write("</cml>\n");
 343 
        out.write("</cml>\n");
Line 438... Line 345...
438 
    }
 345 
    }
439 
   
 346 
   
440 
    // examines the beginning of a file and decides whether it can be considered a database of structures which this class is capable
 347 
    // examines the beginning of a file and decides whether it can be considered a database of structures which this class is capable
441 
    // of reading...
 348 
    // of reading...
442 
    // (NB: currently this includes MDL SD-files, and nothing else)
 349 
    // (NB: currently this includes MDL SD-files, and nothing else)
443 
    static boolean ExamineIsDatabase(FileInputStream istr) throws IOException
 350 
    static boolean examineIsDatabase(FileInputStream istr) throws IOException
444 
    {
 351 
    {
445 
        long lastpos=istr.getChannel().position();
 352 
        long lastpos=istr.getChannel().position();
446 
        boolean isdb=FindNextPosition(istr,0)>=0;
 353 
        boolean isdb=findNextPosition(istr,0)>=0;
447 
        istr.getChannel().position(lastpos);
 354 
        istr.getChannel().position(lastpos);
448 
        return isdb;
 355 
        return isdb;
449 
    }
 356 
    }
450 
   
 357 
   
451 
    static long FindNextPosition(FileInputStream istr,long startpos) throws IOException
 358 
    static long findNextPosition(FileInputStream istr,long startpos) throws IOException
452 
    {
 359 
    {
453 
        FileChannel fch=istr.getChannel();
 360 
        FileChannel fch=istr.getChannel();
454 
        fch.position(startpos);
 361 
        fch.position(startpos);
455 
        long pos=startpos,size=fch.size(),nextpos=-1;
 362 
        long pos=startpos,size=fch.size(),nextpos=-1;
456 
       
 363 
       
Line 468... Line 375...
468 
        if (nextpos<0) return -1;
 375 
        if (nextpos<0) return -1;
469 
 
 376 
 
470 
        try
 377 
        try
471 
        {
 378 
        {
472 
            BufferedReader in=new BufferedReader(new StringReader(rec));
 379 
            BufferedReader in=new BufferedReader(new StringReader(rec));
473 
            Molecule mol=ReadMDLMOL(in);
 380 
            Molecule mol=readMDLMOL(in);
474 
            if (mol==null) nextpos=-1;
 381 
            if (mol==null) nextpos=-1;
475 
        }
 382 
        }
476 
        catch (IOException e) {nextpos=-1;}
 383 
        catch (IOException e) {nextpos=-1;}
477 
       
 384 
       
478 
        return nextpos;
 385 
        return nextpos;
479 
    }
 386 
    }
480 
   
 387 
   
481 
    static Molecule FetchFromPosition(FileInputStream istr,long pos) throws IOException
 388 
    static Molecule fetchFromPosition(FileInputStream istr,long pos) throws IOException
482 
    {
 389 
    {
483 
        istr.getChannel().position(pos);
 390 
        istr.getChannel().position(pos);
484 
        return ReadMDLMOL(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
 391 
        return readMDLMOL(new BufferedReader(new InputStreamReader(istr)));
485 
    }
 392 
    }
486 
   
 393 
   
487 
    // miscellaneous help
 394 
    // miscellaneous help
488 
   
 395 
   
489 
    static String intrpad(int Val,int Len)
 396 
    static String intrpad(int Val,int Len)
Line 498... Line 405...
498 
        if (Len<=0) return "";
 405 
        if (Len<=0) return "";
499 
        String str=Ch;
 406 
        String str=Ch;
500 
        while (str.length()<Len) str=str+Ch;
 407 
        while (str.length()<Len) str=str+Ch;
501 
        return str;
 408 
        return str;
502 
    }
 409 
    }
503 
 
 - 
 
504 
    public static String GetSmiles(Molecule mol){
 - 
 
505 
    // jm.evers
 - 
 
506 
    // all very clumsy...there must be another/better way of doing this proper !
 - 
 
507 
        int a;int b;int p=0;int H1=0;int H2=0;int C1=0;int C2=0;String c1="";;String c2="";
 - 
 
508 
        String smile="";int M=mol.NumBonds();int N=mol.NumAtoms();
 - 
 
509 
        try{
 - 
 
510 
            if(N==1){
 - 
 
511 
                if(mol.AtomHExplicit(1)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN){
 - 
 
512 
                    H1=mol.AtomHExplicit(1);
 - 
 
513 
                }
 - 
 
514 
                else
 - 
 
515 
                {
 - 
 
516 
                    H1=mol.AtomHydrogens(1);
 - 
 
517 
                }
 - 
 
518 
                C1=mol.AtomCharge(1);
 - 
 
519 
                if(C1 != 0){
 - 
 
520 
                    if(C1>0){
 - 
 
521 
                        if(C1==1){
 - 
 
522 
                            c1="<sup><small><b>+</b></small></sup>";
 - 
 
523 
                        }
 - 
 
524 
                        else
 - 
 
525 
                        {
 - 
 
526 
                            c1="<sup><small><b>"+C1+"+</b></small></sup>";
 - 
 
527 
                        }
 - 
 
528 
                    }
 - 
 
529 
                    else
 - 
 
530 
                    {
 - 
 
531 
                        C1=-1*C1;
 - 
 
532 
                        if(C1 == 1){
 - 
 
533 
                            c1="<sup><small><b>-</b></small></sup>";
 - 
 
534 
                        }
 - 
 
535 
                        else
 - 
 
536 
                        {
 - 
 
537 
                            c1="<sup><small><b>"+C1+"-</b></small></sup>";
 - 
 
538 
                        }    
 - 
 
539 
                    }
 - 
 
540 
                }
 - 
 
541 
                else
 - 
 
542 
                {
 - 
 
543 
                    c1 = "";
 - 
 
544 
                }
 - 
 
545 
                if(H1 != 0){
 - 
 
546 
                    if(H1 == 1){
 - 
 
547 
                        smile=mol.AtomElement(1)+c1+"H";
 - 
 
548 
                    }
 - 
 
549 
                    else
 - 
 
550 
                    {
 - 
 
551 
                        smile=mol.AtomElement(1)+c1+"H<sub><small>"+H1+"</small></sub>";
 - 
 
552 
                    }
 - 
 
553 
                }
 - 
 
554 
                else
 - 
 
555 
                {
 - 
 
556 
                    smile=mol.AtomElement(1)+c1;
 - 
 
557 
                }      
 - 
 
558 
            }
 - 
 
559 
            else
 - 
 
560 
            {
 - 
 
561 
                int[] From=new int[M+1];
 - 
 
562 
                int[] To=new int[M+1];
 - 
 
563 
                boolean[] Fdone=new boolean[N+1];
 - 
 
564 
                boolean[] Tdone=new boolean[N+1];
 - 
 
565 
                boolean test=true;
 - 
 
566 
                for(int n=1;n<=M;n++){
 - 
 
567 
                    From[n]=mol.BondFrom(n);
 - 
 
568 
                    To[n]=mol.BondTo(n);
 - 
 
569 
                }
 - 
 
570 
                for(int n=0;n<=N;n++){
 - 
 
571 
                    Fdone[n]=false;
 - 
 
572 
                    Tdone[n]=false;
 - 
 
573 
                }
 - 
 
574 
                for(int n=1;n<=M;n++){
 - 
 
575 
                    test=true;a=From[n];b=To[n];p=1;
 - 
 
576 
                    if(mol.AtomHExplicit(a)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN){
 - 
 
577 
                        H1=mol.AtomHExplicit(a);
 - 
 
578 
                    }
 - 
 
579 
                    else
 - 
 
580 
                    {
 - 
 
581 
                        H1=mol.AtomHydrogens(a);
 - 
 
582 
                    }
 - 
 
583 
                    if(mol.AtomHExplicit(b)!=Molecule.HEXPLICIT_UNKNOWN){
 - 
 
584 
                        H2=mol.AtomHExplicit(b);
 - 
 
585 
                    }
 - 
 
586 
                    else
 - 
 
587 
                    {
 - 
 
588 
                        H2=mol.AtomHydrogens(b);
 - 
 
589 
                    }
 - 
 
590 
                    C1=mol.AtomCharge(a);
 - 
 
591 
                    C2=mol.AtomCharge(b);
 - 
 
592 
                    if(C1 != 0){
 - 
 
593 
                        if(C1>0){
 - 
 
594 
                            if(C1==1){
 - 
 
595 
                                c1="<sup><small><b>+</b></small></sup>";
 - 
 
596 
                            }
 - 
 
597 
                            else
 - 
 
598 
                            {
 - 
 
599 
                                c1="<sup><small><b>"+C1+"+</b></small></sup>";
 - 
 
600 
                            }
 - 
 
601 
                        }
 - 
 
602 
                        else
 - 
 
603 
                        {
 - 
 
604 
                            C1=-1*C1;
 - 
 
605 
                            if(C1 == 1){
 - 
 
606 
                                c1="<sup><small><b>-</b></small></sup>";
 - 
 
607 
                            }
 - 
 
608 
                            else
 - 
 
609 
                            {
 - 
 
610 
                                c1="<sup><small><b>"+C1+"-</b></small></sup>";
 - 
 
611 
                            }    
 - 
 
612 
                        }
 - 
 
613 
                    }
 - 
 
614 
                    else
 - 
 
615 
                    {
 - 
 
616 
                        c1 = "";
 - 
 
617 
                    }
 - 
 
618 
                    if(C2 != 0){
 - 
 
619 
                        if(C2>0){
 - 
 
620 
                            if(C2==1){
 - 
 
621 
                                c2="<sup><small><b>+</b></small></sup>";
 - 
 
622 
                            }
 - 
 
623 
                            else
 - 
 
624 
                            {
 - 
 
625 
                                c2="<sup><small><b>"+C2+"+</b></small></sup>";
 - 
 
626 
                            }
 - 
 
627 
                        }
 - 
 
628 
                        else
 - 
 
629 
                        {
 - 
 
630 
                            C2=-1*C2;
 - 
 
631 
                            if(C2 == 1){
 - 
 
632 
                                c2="<sup><small><b>-</b></small></sup>";
 - 
 
633 
                            }
 - 
 
634 
                            else
 - 
 
635 
                            {
 - 
 
636 
                                c2="<sup><small><b>"+C2+"-</b></small></sup>";
 - 
 
637 
                            }    
 - 
 
638 
                        }
 - 
 
639 
                    }
 - 
 
640 
                    else
 - 
 
641 
                    {
 - 
 
642 
                        c2 = "";
 - 
 
643 
                    }
 - 
 
644 
           
 - 
 
645 
                    while(test && p<=M){
 - 
 
646 
                        if(!Fdone[a] && !Tdone[a]){
 - 
 
647 
                            if(H1 != 0){
 - 
 
648 
                                if(H1 == 1){
 - 
 
649 
                                    smile=smile+"("+(mol.AtomElement(a))+c1+"H)"+(htmlbond(mol.BondOrder(a)));
 - 
 
650 
                                }
 - 
 
651 
                                else
 - 
 
652 
                                {
 - 
 
653 
                                    smile=smile+"("+(mol.AtomElement(a))+c1+"H<sub><small>"+H1+"</small></sub>)"+(htmlbond(mol.BondOrder(a)));
 - 
 
654 
                                }
 - 
 
655 
                            }
 - 
 
656 
                            else
 - 
 
657 
                            {
 - 
 
658 
                                smile=smile+(mol.AtomElement(a))+c1+(htmlbond(mol.BondOrder(a)));
 - 
 
659 
                            }
 - 
 
660 
                            Fdone[a]=true;
 - 
 
661 
                        }
 - 
 
662 
 
 - 
 
663 
                        if(!Tdone[b] && !Fdone[b]){
 - 
 
664 
                            if(n<M){
 - 
 
665 
                                if(H2 != 0){
 - 
 
666 
                                    if(H2 == 1){
 - 
 
667 
                                        smile=smile+"("+(mol.AtomElement(b))+c2+"H)"+(htmlbond(mol.BondOrder(b))) ;
 - 
 
668 
                                    }
 - 
 
669 
                                    else
 - 
 
670 
                                    {
 - 
 
671 
                                        smile=smile+"("+(mol.AtomElement(b))+c2+"H<sub><small>"+H2+"</small></sub>)"+(htmlbond(mol.BondOrder(b))) ;
 - 
 
672 
                                    }
 - 
 
673 
                                }
 - 
 
674 
                                else
 - 
 
675 
                                {                      
 - 
 
676 
                                    smile=smile+(mol.AtomElement(b))+c2+(htmlbond(mol.BondOrder(b))) ;
 - 
 
677 
                                }
 - 
 
678 
                            }
 - 
 
679 
                            else
 - 
 
680 
                            {
 - 
 
681 
                                if( H2 != 0){
 - 
 
682 
                                    if( H2 == 1){
 - 
 
683 
                                        smile=smile+"("+(mol.AtomElement(b))+c2+"H)";
 - 
 
684 
                                    }
 - 
 
685 
                                    else
 - 
 
686 
                                    {
 - 
 
687 
                                        smile=smile+"("+(mol.AtomElement(b))+c2+"H<sub><small>"+H2+"</small></sub>)";
 - 
 
688 
                                    }
 - 
 
689 
                                }
 - 
 
690 
                                else
 - 
 
691 
                                {
 - 
 
692 
                                    smile=smile+(mol.AtomElement(b))+c2;
 - 
 
693 
                                }
 - 
 
694 
                            }
 - 
 
695 
                            Tdone[b]=true;
 - 
 
696 
                        }
 - 
 
697 
                        if(Tdone[b] || Fdone[a]){
 - 
 
698 
                            test=false;
 - 
 
699 
                        }
 - 
 
700 
                        p++;
 - 
 
701 
                    }
 - 
 
702 
                }
 - 
 
703 
            }
 - 
 
704 
            return smile;
 - 
 
705 
        }
 - 
 
706 
        catch (Exception e){return "error \n Are You drawing more than 1 molecule ???";}
 - 
 
707 
    }
 - 
 
708 
   
 - 
 
709 
    public static String htmlbond(int order){
 - 
 
710 
    // jm.evers
 - 
 
711 
        String s="&minus";
 - 
 
712 
        if(order == 0){
 - 
 
713 
            s="\u22Ef";
 - 
 
714 
        }
 - 
 
715 
        else
 - 
 
716 
        {
 - 
 
717 
            if(order == 1){
 - 
 
718 
                s="&minus;";
 - 
 
719 
            }
 - 
 
720 
            else
 - 
 
721 
            {
 - 
 
722 
                if(order == 2){
 - 
 
723 
                    s="=";
 - 
 
724 
                }
 - 
 
725 
                else
 - 
 
726 
                {
 - 
 
727 
                    if(order == 3){
 - 
 
728 
                        s="&equiv;";
 - 
 
729 
                    }
 - 
 
730 
                }
 - 
 
731 
            }
 - 
 
732 
        }
 - 
 
733 
        return s;
 - 
 
734 
    }
 - 
 
735 
 
 - 
 
736 
 
 - 
 
737 
}
 410 
}