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Rev 3662 Rev 7246
Line 1... Line 1...
1 
/*
 1 
/*
2 
    WIMSchem Elements: Chemistry molecular diagram drawing tool.
 2 
    Sketch Elements: Chemistry molecular diagram drawing tool.
3 
   
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    (c) 2005 Dr. Alex M. Clark
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    (c) 2005 Dr. Alex M. Clark
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    Released as GNUware, under the Gnu Public License (GPL)
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    Released as GNUware, under the Gnu Public License (GPL)
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 7 
   
Line 14... Line 14...
14 
import java.net.*;
 14 
import java.net.*;
15 
import java.util.*;
 15 
import java.util.*;
16 
 
 16 
 
17 
// For obtaining the template list.
 17 
// For obtaining the template list.
18 
 
 18 
 
19 
public class Templates{
 19 
public class Templates
20 
 
 20 
{
21 
    ArrayList<Molecule> templ=new ArrayList<Molecule>();
 21 
    ArrayList<Molecule> templ=new ArrayList<Molecule>();
22 
 
 22 
 
23 
    // jm.evers: copies... of functions in applet. Should be reorganised !!
 23 
    // jm.evers: copies... of functions in applet. Should be reorganised !!
24 
    public static byte [] loadURL(URL url) throws IOException {
 24 
    public static byte [] loadURL(URL url) throws IOException {
25 
        int bufSize = 1024 * 2;
 25 
        int bufSize = 1024 * 2;
Line 46... Line 46...
46 
            return new String(loadURL(url));
 46 
            return new String(loadURL(url));
47 
        } catch (Exception e) { return loadFile(fileOrURL);}
 47 
        } catch (Exception e) { return loadFile(fileOrURL);}
48 
    }
 48 
    }
49 
       
 49 
       
50 
 
 50 
 
51 
    public Templates(Class cls){
 51 
    public Templates(Class cls)
52 
 
 52 
    {
53 
        ArrayList<String> list=new ArrayList<String>();
 53 
        ArrayList<String> list=new ArrayList<String>();
54 
 
 - 
 
55 
        // jm.evers : if an param template is defined, load them in the ArrayList.
 54 
        // jm.evers : if an param template is defined, load them in the ArrayList.
56 
        boolean inapplet=false;
 - 
 
57 
        if(MainApplet.templateURL != null){
 55 
        if( MainApplet.templateURL != null ){
58 
            for(int p=0; p<MainApplet.templateURL.length ;p++ ){
 56 
            for(int p=0; p<MainApplet.templateURL.length ;p++ ){
59 
                try {
 57 
                try {
- 
 
 58 
                    //Molecule mol = MoleculeStream.readMDLMOL(new BufferedReader(new StringReader((load(MainApplet.templateURL[p])).toString())));    
60 
                    Molecule mol=MoleculeStream.ReadUnknown(new BufferedReader(new StringReader((load(MainApplet.templateURL[p])))));
 59 
                    Molecule mol = MoleculeStream.readUnknown(new BufferedReader(new StringReader((load(MainApplet.templateURL[p])).toString())));    
61 
                    templ.add(mol);
 60 
                    templ.add(mol);
62 
                    inapplet=true;
 - 
 
63 
                    System.out.println("loading template"+p);
 61 
                    System.out.println("loading template no"+p);
64 
                } catch (IOException e) {System.out.println("FAILED loading template"+p+"\n Are you using correct MDLMol or Native files??");}
 62 
                } catch (IOException e) {System.out.println("FAILED loading template"+p+"\n Are you using correct MDLMol or Native files??");}
65 
            }
 63 
            }
66 
            // if this was not successfull: maybe the templates are javascript strings?
 - 
 
67 
            // not tested 30/12/2008 !!!
 - 
 
68 
            if(!inapplet){
 - 
 
69 
                for(int p=0; p<MainApplet.templateURL.length ;p++ ){
 - 
 
70 
                    try {
 - 
 
71 
                        System.out.println("MainApplet.templateURL[p]="+MainApplet.templateURL[p]);
 - 
 
72 
                        Molecule mol=MoleculeStream.ReadUnknown(new BufferedReader(new StringReader(MainApplet.templateURL[p].toString())));
 - 
 
73 
                        templ.add(mol);
 - 
 
74 
                        inapplet=true;
 - 
 
75 
                        System.out.println("loading template"+p);
 - 
 
76 
                    }    catch (IOException e) {System.out.println("FAILED loading template"+p+"\n Are you using correct javascript strings??");}
 - 
 
77 
                }
 - 
 
78 
            }
 - 
 
79 
        }
 64 
        }
80 
       
 65 
        else   
81 
        if(!inapplet){
 - 
 
82 
        // read the list of molecules from the directory file, then create each one of them
 66 
        {    // read the list of molecules from the directory file, then create each one of them
- 
 
 67 
            try
83 
            try {
 68 
            {
84 
                InputStream istr=cls.getResourceAsStream("/templ/list");
 69 
                InputStream istr=cls.getResourceAsStream("/templ/list");
85 
                BufferedReader in=new BufferedReader(new InputStreamReader(istr));
 70 
                BufferedReader in=new BufferedReader(new InputStreamReader(istr));
86 
                String line;
 71 
                String line;
87 
                while ((line=in.readLine())!=null) {list.add(line);}
 72 
                while ((line=in.readLine())!=null) {list.add(line);}
88 
                istr.close();
 73 
                istr.close();
89 
            }
 74 
            }
90 
            catch (IOException e) {
 75 
            catch (IOException e)
- 
 
 76 
            {
91 
                System.out.println("Failed to obtain list of templates:\n"+e.toString());
 77 
                System.out.println("Failed to obtain list of jar included default templates:\n"+e.toString());
92 
                return;
 78 
                return;
93 
            }
 79 
            }
94 
           
 80 
            try
95 
            try {
 81 
            {
96 
                for (int n=0;n<list.size();n++){
 82 
                for (int n=0;n<list.size();n++)
- 
 
 83 
                {
97 
                    InputStream istr=cls.getResourceAsStream("/templ/"+list.get(n));
 84 
                    InputStream istr=cls.getResourceAsStream("/templ/"+list.get(n));
98 
                    Molecule mol=MoleculeStream.ReadNative(istr);
 85 
                    Molecule mol=MoleculeStream.readNative(istr);
99 
                    templ.add(mol);
 86 
                    templ.add(mol);
100 
                    istr.close();
 87 
                    istr.close();
101 
                }
 88 
                }
102 
            }
 89 
            }
103 
            catch (IOException e){
 90 
            catch (IOException e)
- 
 
 91 
            {
104 
                System.out.println("Failed to obtain particular template:\n"+e.toString());
 92 
                System.out.println("Failed to obtain particular template:\n"+e.toString());
105 
                return;
 93 
                return;
106 
            }
 94 
            }
107 
        }
 95 
        }      
108 
        // sort the molecules by an index of "complexity" (smaller molecules first, carbon-only favoured)
 96 
        // sort the molecules by an index of "complexity" (smaller molecules first, carbon-only favoured)
109 
       
 97 
       
110 
        int[] complex=new int[templ.size()];
 98 
        int[] complex=new int[templ.size()];
111 
        for (int n=0;n<templ.size();n++)
 99 
        for (int n=0;n<templ.size();n++)
112 
        {
 100 
        {
113 
            Molecule mol=templ.get(n);
 101 
            Molecule mol=templ.get(n);
114 
            complex[n]=mol.NumAtoms()*100;
 102 
            complex[n]=mol.numAtoms()*100;
115 
            boolean nonCH=false;
 103 
            boolean nonCH=false;
116 
            for (int i=1;i<=mol.NumAtoms();i++)
 104 
            for (int i=1;i<=mol.numAtoms();i++)
117 
                if (mol.AtomElement(i).compareTo("C")!=0 && mol.AtomElement(i).compareTo("H")!=0) nonCH=true;
 105 
                if (mol.atomElement(i).compareTo("C")!=0 && mol.atomElement(i).compareTo("H")!=0) nonCH=true;
118 
            if (!nonCH) complex[n]-=1000;
 106 
            if (!nonCH) complex[n]-=1000;
119 
            for (int i=1;i<=mol.NumBonds();i++) complex[n]=complex[n]+mol.BondOrder(i);
 107 
            for (int i=1;i<=mol.numBonds();i++) complex[n]=complex[n]+mol.bondOrder(i);
120 
        }
 108 
        }
121 
       
 109 
       
122 
        int p=0;
 110 
        int p=0;
123 
        while (p<templ.size()-1)
 111 
        while (p<templ.size()-1)
124 
        {
 112 
        {
Line 129... Line 117...
129 
                if (p>0) p--;
 117 
                if (p>0) p--;
130 
            }
 118 
            }
131 
            else p++;
 119 
            else p++;
132 
        }
 120 
        }
133 
    }
 121 
    }
- 
 
 122 
   
134 
    public int NumTemplates() {return templ.size();}
 123 
    public int numTemplates() {return templ.size();}
135 
    public Molecule GetTemplate(int N) {return templ.get(N);}
 124 
    public Molecule getTemplate(int N) {return templ.get(N);}
136 
    public void AddTemplate(Molecule Mol) {templ.add(Mol);}
 125 
    public void addTemplate(Molecule Mol) {templ.add(Mol);}
137 
}
 126 
}
138 
 
 127 
 
139 
 
 128 
 
140 
 
 129 
 
141 
 
 130