WebSVN – wimsdev – Diff – /trunk/wims/src/Misc/chemeq/src/chemeq.cc



std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Compteur & c){
  return c.operator << (o);
}
 
double AtomeListe::weight(fraction mult)const{
  // const AtomeListe * al;
  double w=0.0;
  if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */
    w=mendelweight(symb)*nb*mult.i/mult.d;
  }
  else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */

  if (suiv) w+=suiv->weight(mult);
  return w;
}
 
void AtomeListe::compte(Compteur &c, fraction mult)const{
  // const AtomeListe * al;
  if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */
    std::string key(symb);
    c[key] +=1.0*nb*mult.i/mult.d;
  }
  else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */

  }
  if (suiv) suiv->compte(c,mult);
}
 
void AtomeListe::numerote(int n){
  if(Zed!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */
    no = n;
  }
  else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */
    no = n;
    if (group) group->numerote();
  }
  if (suiv) suiv->numerote(n+1);
}
 
AtomeListe * AtomeListe::triage(AtomeListe * al){
  AtomeListe * al1;
  if(al->Z()!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */
    if (al->suiv){
      al->suiv = triage(al->suiv);
    }
    while (al->suiv && al->suiv->Zed!=0 &&
           strcmp(al->symbole(), al->suiv->symbole()) > 1){
      al1=al; al=al->suiv; al1->suiv=al->suiv; al->suiv=triage(al1);
    }
  }
  else{ /* cas d'un groupe */
     if (al->groupe()) al->groupe(triage(al->groupe()));
  }
  return al;
}
 
bool AtomeListe::isEqual(const AtomeListe & a2) const {
  std::stringstream s1, s2;
  printnorm(s1);
  a2.printnorm(s2);
  return s1.str() == s2.str();

  if (t != aqueous) o << moltypeStr[t];
  return std::string (o.str());
}
 
bool Molec::printcount(std::ostream & o, bool first) const{
  if (!first) o << ", ";
  first=false;
  printnorm(o);
  o << '|';
  al-> printcount(o,nb);
  return first;
}
 
bool Molec::printelec(std::ostream & o, bool first) const{

  nb.simplifie();
}
 
bool Molec::printNernst(std::ostream & o, const char * prefix){
  switch(t){
  case sol :
  case liquid:
    return 0;
  case aqueous :
  case aqueous_explicit:
    if (iswater() || iselectron()) return 0;
    o << prefix << "[" << *al;
    if (ch){
      o << "^{";
      if(fabs(1.0*ch)!=1) o << fabs(1.0*ch);

      printNombre(o);
      o << "}";
    }
    return 1;
  }
  return 0;
}
 
bool Molec::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){
  if (iswater() || iselectron()) {
    return false;
  }
  switch(t){
  case sol :
  case liquid :
    {
      return false;
    }
  case aqueous :
  case aqueous_explicit :
    if(wantedlatex){
      o <<  "[" << *al;
    }else{
      o << "["; al->printnorm(o);
    }

 
int Membre::findMol(const Molec * m){
  // returns the index of a molecule with the same atomlist if any
  // else returns -1.
  int result=-1;
  for(unsigned int i=0; i<size(); i++){
    if ((*this)[i]->eqMol(m)) result=i;
  }
  return result;
}
 

    (*this)[i]->add(m->nombre());
  }
}
 
void Membre::addMembre(const Membre * m){
  for(unsigned int i=0; i<m->size(); i++){
    addMol((*m)[i]);
  }
}
 
void Membre::eraseNull(){
  Membre m(*this);
  clear();
  for(unsigned int i=0; i < m.size();i++){
    if (m[i]->nombre().i>0) push_back(m[i]);
  }
}
 
void Membre::compte(Compteur & c)const{
  for(unsigned int i =0; i < size(); i++){
    operator [] (i)->compte(c);
  }
}
 
void Membre::numerote(){
  for (unsigned int i=0; i < size(); i++){
    operator [](i)->numero(i);
    operator [](i)->liste().numerote();
  }
}
 
void Membre::triage(){
  unsigned int i,j;
  for (i=0; i < size(); i++){
    operator [](i)->triage();
  }
  for (i=0; i < size(); i++){
    for (j=i+1; j < size(); j++){

  }
}
 
void Membre::printcount(std::ostream & o) const{
  bool first=true;
  for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
    first=operator[](i)->printcount(o,first);
  }
}
 
void Membre::printelec(std::ostream & o) const{
  bool first=true;
  for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
    first=operator[](i)->printelec(o,first);
  }
}
 
void Membre::printspecies(std::ostream & o) const{
  bool first=true;
  for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
    first=operator[](i)->printspecies(o,first);
  }
}
 
void Membre::printnorm(std::ostream & o) const{
  for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
    operator[](i)->printnorm(o);
    if (i < size()-1) o << " + ";
  }
}
 
void Membre::printweight(std::ostream & o) const{
  for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
    o << operator[](i)->weight();
    if (i < size()-1) o << " ";
  }
}
 
void Membre::coeff( fraction f){
  for (unsigned int i=0; i<size(); i++) operator[](i)->coeff(f);
}
 
int Membre::printableNernst(){
  int result=0;
  for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
    if (operator[](i)->typage() != sol &&
        !operator[](i)->iswater() &&
        !operator[](i)->iselectron()) result =1;
  }  
  return result;
}
 
bool Membre::redox()const{
  for (unsigned int i=0; i<size(); i++){
    if ((*this)[i]->iselectron()) /* c'est un électron */ return 1;
  }
  return 0;
}
 
fraction  Membre::nbelectron()const{
  fraction result(0);
 
  for(unsigned int i = 0; i<size(); i++) result=result+(*this)[i]->nbelectron();
  return result;
}
 
void Membre::printNernst(std::ostream & o){
  bool printed = 0;
  const char * prefix="";
  for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
    if (i>0) prefix="\\,";
    if (operator[](i)->printNernst(o, prefix)){
      printed = 1;
    }
  }

}
 
void Membre::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){
  bool printed = false;
  bool addcomma = false;
  for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
    std::ostringstream w;
    if (operator[](i)->printNernstWIMS(w,wantedlatex)){
      if (addcomma) o << ", ";
      o << w.str();
      printed = true;

  }
  if (!printed) o << "1";
}
 
std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Membre & m){
  for(unsigned int i=0; i < m.size()-1; i++){
    o << *m[i] << "\\,+\\,";
  }
  o << *m[m.size()-1];
  return o;
}

Rev 13121	Rev 13325
Line 138...	Line 138...
138	std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Compteur & c){	138	std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Compteur & c){
139	return c.operator << (o);	139	return c.operator << (o);
140	}	140	}
141		141
142	double AtomeListe::weight(fraction mult)const{	142	double AtomeListe::weight(fraction mult)const{
143	const AtomeListe * al;	143	// const AtomeListe * al;
144	double w=0.0;	144	double w=0.0;
145	if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */	145	if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */
146	w=mendelweight(symb)nbmult.i/mult.d;	146	w=mendelweight(symb)nbmult.i/mult.d;
147	}	147	}
148	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */	148	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */
Line 151...	Line 151...
151	if (suiv) w+=suiv->weight(mult);	151	if (suiv) w+=suiv->weight(mult);
152	return w;	152	return w;
153	}	153	}
154		154
155	void AtomeListe::compte(Compteur &c, fraction mult)const{	155	void AtomeListe::compte(Compteur &c, fraction mult)const{
156	const AtomeListe * al;	156	// const AtomeListe * al;
157	if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */	157	if(Zed!=0 && Zed!=-1 ){ /* cas où ce n'est pas un groupe ou un électron */
158	std::string key(symb);	158	std::string key(symb);
159	c[key] +=1.0nbmult.i/mult.d;	159	c[key] +=1.0nbmult.i/mult.d;
160	}	160	}
161	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */	161	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */
Line 163...	Line 163...
163	}	163	}
164	if (suiv) suiv->compte(c,mult);	164	if (suiv) suiv->compte(c,mult);
165	}	165	}
166		166
167	void AtomeListe::numerote(int n){	167	void AtomeListe::numerote(int n){
168	if(Zed!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */	168	if(Zed!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */
169	no = n;	169	no = n;
170	}	170	}
171	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */	171	else if (Zed==0){ /* cas d'un groupe */
172	no = n;	172	no = n;
173	if (group) group->numerote();	173	if (group) group->numerote();
174	}	174	}
175	if (suiv) suiv->numerote(n+1);	175	if (suiv) suiv->numerote(n+1);
176	}	176	}
177		177
178	AtomeListe * AtomeListe::triage(AtomeListe * al){	178	AtomeListe * AtomeListe::triage(AtomeListe * al){
179	AtomeListe * al1;	179	AtomeListe * al1;
180	if(al->Z()!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */	180	if(al->Z()!=0){ /* cas où ce n'est pas un groupe */
181	if (al->suiv){	181	if (al->suiv){
182	al->suiv = triage(al->suiv);	182	al->suiv = triage(al->suiv);
183	}	183	}
184	while (al->suiv && al->suiv->Zed!=0 &&	184	while (al->suiv && al->suiv->Zed!=0 &&
185	strcmp(al->symbole(), al->suiv->symbole()) > 1){	185	strcmp(al->symbole(), al->suiv->symbole()) > 1){
186	al1=al; al=al->suiv; al1->suiv=al->suiv; al->suiv=triage(al1);	186	al1=al; al=al->suiv; al1->suiv=al->suiv; al->suiv=triage(al1);
187	}	187	}
188	}	188	}
189	else{ /* cas d'un groupe */	189	else{ /* cas d'un groupe */
190	if (al->groupe()) al->groupe(triage(al->groupe()));	190	if (al->groupe()) al->groupe(triage(al->groupe()));
191	}	191	}
192	return al;	192	return al;
193	}	193	}
194		194
195	bool AtomeListe::isEqual(const AtomeListe & a2) const {	195	bool AtomeListe::isEqual(const AtomeListe & a2) const {
196	std::stringstream s1, s2;	196	std::stringstream s1, s2;
197	printnorm(s1);	197	printnorm(s1);
198	a2.printnorm(s2);	198	a2.printnorm(s2);
199	return s1.str() == s2.str();	199	return s1.str() == s2.str();
Line 261...	Line 261...
261	if (t != aqueous) o << moltypeStr[t];	261	if (t != aqueous) o << moltypeStr[t];
262	return std::string (o.str());	262	return std::string (o.str());
263	}	263	}
264		264
265	bool Molec::printcount(std::ostream & o, bool first) const{	265	bool Molec::printcount(std::ostream & o, bool first) const{
266	if (!first) o << ", ";	266	if (!first) o << ", ";
267	first=false;	267	first=false;
268	printnorm(o);	268	printnorm(o);
269	o << '\|';	269	o << '\|';
270	al-> printcount(o,nb);	270	al-> printcount(o,nb);
271	return first;	271	return first;
272	}	272	}
273		273
274	bool Molec::printelec(std::ostream & o, bool first) const{	274	bool Molec::printelec(std::ostream & o, bool first) const{
Line 306...	Line 306...
306	nb.simplifie();	306	nb.simplifie();
307	}	307	}
308		308
309	bool Molec::printNernst(std::ostream & o, const char * prefix){	309	bool Molec::printNernst(std::ostream & o, const char * prefix){
310	switch(t){	310	switch(t){
-		311	case sol :
-		312	case liquid:
311	~~case sol :~~ return 0;	313	return 0;
312	case aqueous :	314	case aqueous :
-		315	case aqueous_explicit:
313	if (iswater() \|\| iselectron()) return 0;	316	if (iswater() \|\| iselectron()) return 0;
314	o << prefix << "[" << *al;	317	o << prefix << "[" << *al;
315	if (ch){	318	if (ch){
316	o << "^{";	319	o << "^{";
317	if(fabs(1.0ch)!=1) o << fabs(1.0ch);	320	if(fabs(1.0ch)!=1) o << fabs(1.0ch);
Line 332...	Line 335...
332	printNombre(o);	335	printNombre(o);
333	o << "}";	336	o << "}";
334	}	337	}
335	return 1;	338	return 1;
336	}	339	}
-		340	return 0;
337	}	341	}
338		342
339	bool Molec::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){	343	bool Molec::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){
340	if (iswater() \|\| iselectron()) {	344	if (iswater() \|\| iselectron()) {
341	return false;	345	return false;
342	}	346	}
343	switch(t){	347	switch(t){
344	case sol : {	348	case sol :
-		349	case liquid :
-		350	{
345	return false;	351	return false;
346	}	352	}
347	case aqueous :	353	case aqueous :
-		354	case aqueous_explicit :
348	if(wantedlatex){	355	if(wantedlatex){
349	o << "[" << *al;	356	o << "[" << *al;
350	}else{	357	}else{
351	o << "["; al->printnorm(o);	358	o << "["; al->printnorm(o);
352	}	359	}
Line 451...	Line 458...
451		458
452	int Membre::findMol(const Molec * m){	459	int Membre::findMol(const Molec * m){
453	// returns the index of a molecule with the same atomlist if any	460	// returns the index of a molecule with the same atomlist if any
454	// else returns -1.	461	// else returns -1.
455	int result=-1;	462	int result=-1;
456	for(int i=0; i<size(); i++){	463	for(unsigned int i=0; i<size(); i++){
457	if ((*this)[i]->eqMol(m)) result=i;	464	if ((*this)[i]->eqMol(m)) result=i;
458	}	465	}
459	return result;	466	return result;
460	}	467	}
461		468
Line 467...	Line 474...
467	(*this)[i]->add(m->nombre());	474	(*this)[i]->add(m->nombre());
468	}	475	}
469	}	476	}
470		477
471	void Membre::addMembre(const Membre * m){	478	void Membre::addMembre(const Membre * m){
472	for(int i=0; i<m->size(); i++){	479	for(unsigned int i=0; i<m->size(); i++){
473	addMol((*m)[i]);	480	addMol((*m)[i]);
474	}	481	}
475	}	482	}
476		483
477	void Membre::eraseNull(){	484	void Membre::eraseNull(){
478	Membre m(*this);	485	Membre m(*this);
479	clear();	486	clear();
480	for(int i=0; i < m.size();i++){	487	for(unsigned int i=0; i < m.size();i++){
481	if (m[i]->nombre().i>0) push_back(m[i]);	488	if (m[i]->nombre().i>0) push_back(m[i]);
482	}	489	}
483	}	490	}
484		491
485	void Membre::compte(Compteur & c)const{	492	void Membre::compte(Compteur & c)const{
486	for(int i =0; i < size(); i++){	493	for(unsigned int i =0; i < size(); i++){
487	operator [] (i)->compte(c);	494	operator [] (i)->compte(c);
488	}	495	}
489	}	496	}
490		497
491	void Membre::numerote(){	498	void Membre::numerote(){
492	for (int i=0; i < size(); i++){	499	for (unsigned int i=0; i < size(); i++){
493	operator [](i)->numero(i);	500	operator [](i)->numero(i);
494	operator [](i)->liste().numerote();	501	operator [](i)->liste().numerote();
495	}	502	}
496	}	503	}
497		504
498	void Membre::triage(){	505	void Membre::triage(){
499	int i,j;	506	unsigned int i,j;
500	for (i=0; i < size(); i++){	507	for (i=0; i < size(); i++){
501	operator [](i)->triage();	508	operator [](i)->triage();
502	}	509	}
503	for (i=0; i < size(); i++){	510	for (i=0; i < size(); i++){
504	for (j=i+1; j < size(); j++){	511	for (j=i+1; j < size(); j++){
Line 511...	Line 518...
511	}	518	}
512	}	519	}
513		520
514	void Membre::printcount(std::ostream & o) const{	521	void Membre::printcount(std::ostream & o) const{
515	bool first=true;	522	bool first=true;
516	for(int i=0; i < size(); i++){	523	for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
517	first=operator[](i)->printcount(o,first);	524	first=operator[](i)->printcount(o,first);
518	}	525	}
519	}	526	}
520		527
521	void Membre::printelec(std::ostream & o) const{	528	void Membre::printelec(std::ostream & o) const{
522	bool first=true;	529	bool first=true;
523	for(int i=0; i < size(); i++){	530	for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
524	first=operator[](i)->printelec(o,first);	531	first=operator[](i)->printelec(o,first);
525	}	532	}
526	}	533	}
527		534
528	void Membre::printspecies(std::ostream & o) const{	535	void Membre::printspecies(std::ostream & o) const{
529	bool first=true;	536	bool first=true;
530	for(int i=0; i < size(); i++){	537	for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
531	first=operator[](i)->printspecies(o,first);	538	first=operator[](i)->printspecies(o,first);
532	}	539	}
533	}	540	}
534		541
535	void Membre::printnorm(std::ostream & o) const{	542	void Membre::printnorm(std::ostream & o) const{
536	for(int i=0; i < size(); i++){	543	for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
537	operator[](i)->printnorm(o);	544	operator[](i)->printnorm(o);
538	if (i < size()-1) o << " + ";	545	if (i < size()-1) o << " + ";
539	}	546	}
540	}	547	}
541		548
542	void Membre::printweight(std::ostream & o) const{	549	void Membre::printweight(std::ostream & o) const{
543	for(int i=0; i < size(); i++){	550	for(unsigned int i=0; i < size(); i++){
544	o << operator[](i)->weight();	551	o << operator[](i)->weight();
545	if (i < size()-1) o << " ";	552	if (i < size()-1) o << " ";
546	}	553	}
547	}	554	}
548		555
549	void Membre::coeff( fraction f){	556	void Membre::coeff( fraction f){
550	for (int i=0; i<size(); i++) operator[](i)->coeff(f);	557	for (unsigned int i=0; i<size(); i++) operator[](i)->coeff(f);
551	}	558	}
552		559
553	int Membre::printableNernst(){	560	int Membre::printableNernst(){
554	int result=0;	561	int result=0;
555	for (int i=0; i<size(); i++) {	562	for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
556	if (operator[](i)->typage() != sol &&	563	if (operator[](i)->typage() != sol &&
557	!operator[](i)->iswater() &&	564	!operator[](i)->iswater() &&
558	!operator[](i)->iselectron()) result =1;	565	!operator[](i)->iselectron()) result =1;
559	}	566	}
560	return result;	567	return result;
561	}	568	}
562		569
563	bool Membre::redox()const{	570	bool Membre::redox()const{
564	for (int i=0; i<size(); i++){	571	for (unsigned int i=0; i<size(); i++){
565	if ((this)[i]->iselectron()) / c'est un électron */ return 1;	572	if ((this)[i]->iselectron()) / c'est un électron */ return 1;
566	}	573	}
567	return 0;	574	return 0;
568	}	575	}
569		576
570	fraction Membre::nbelectron()const{	577	fraction Membre::nbelectron()const{
571	fraction result(0);	578	fraction result(0);
572		579
573	for(int i = 0; i<size(); i++) result=result+(*this)[i]->nbelectron();	580	for(unsigned int i = 0; i<size(); i++) result=result+(*this)[i]->nbelectron();
574	return result;	581	return result;
575	}	582	}
576		583
577	void Membre::printNernst(std::ostream & o){	584	void Membre::printNernst(std::ostream & o){
578	bool printed = 0;	585	bool printed = 0;
579	const char * prefix="";	586	const char * prefix="";
580	for (int i=0; i<size(); i++) {	587	for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
581	if (i>0) prefix="\\,";	588	if (i>0) prefix="\\,";
582	if (operator[](i)->printNernst(o, prefix)){	589	if (operator[](i)->printNernst(o, prefix)){
583	printed = 1;	590	printed = 1;
584	}	591	}
585	}	592	}
Line 587...	Line 594...
587	}	594	}
588		595
589	void Membre::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){	596	void Membre::printNernstWIMS(std::ostream & o, bool wantedlatex){
590	bool printed = false;	597	bool printed = false;
591	bool addcomma = false;	598	bool addcomma = false;
592	for (int i=0; i<size(); i++) {	599	for (unsigned int i=0; i<size(); i++) {
593	std::ostringstream w;	600	std::ostringstream w;
594	if (operator[](i)->printNernstWIMS(w,wantedlatex)){	601	if (operator[](i)->printNernstWIMS(w,wantedlatex)){
595	if (addcomma) o << ", ";	602	if (addcomma) o << ", ";
596	o << w.str();	603	o << w.str();
597	printed = true;	604	printed = true;
Line 602...	Line 609...
602	}	609	}
603	if (!printed) o << "1";	610	if (!printed) o << "1";
604	}	611	}
605		612
606	std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Membre & m){	613	std::ostream & operator << (std::ostream & o, const Membre & m){
607	for(int i=0; i < m.size()-1; i++){	614	for(unsigned int i=0; i < m.size()-1; i++){
608	o << *m[i] << "\\,+\\,";	615	o << *m[i] << "\\,+\\,";
609	}	616	}
610	o << *m[m.size()-1];	617	o << *m[m.size()-1];
611	return o;	618	return o;
612	}	619	}

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