slib(chemistry/moleculeViewer

[Marie-Claude DAVID]

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la slib(chemistry/moleculeViewer n’affiche pas ses résultats dans l’aide et slib(chemistry/moleculeViewer ch4,label=false scale=0.8 height=300 width=300) ne donne rien dans mon DocWIMS. Dois-je insérer une base de données quelquepart ?

cordialement

Marie-Claude

[Olivier]

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Bonjour Marie-Claude,

La slib « chemistry/moleculeViewer » qu’on trouve dans les slibs ici :

https://wims.univ-cotedazur.fr/wims/?module=help%2Fwimsdoc.en&cmd=new&subject=slib#slib

indique comme description « Java Molecule Viewer »

Java n’étant plus vraiment installé dans les navigateurs moderne, ca risque de ne pas fonctionner en effet. Pour afficher des molécule en 3D dans WIMS je te conseille plutôt la slib chemistry/jmolshow

 

Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

[Olivier]

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J’ai fait une recherche du terme « moleculeViewer » sur l’ensemble des modules de mon serveur, et je n’ai trouvé aucune occurence. Si cette slib n’est plus utilisée, je propose de la retirer de la prochaine version de WIMS. (les modules qui l’utilisaient ont tous du passer à jmolshow)

Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

[Marie-Claude DAVID]

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merci de ta réponse mais comme je ne suis pas chimiste, je ne sais pas comment appeler le méthane CH_4.

Marie-Claude

[Marie-Claude DAVID]

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c’est bon j’ai réussi mais la molécule obtenue ne semble pas régulière.

\def{text M=slib(chemistry/jmolshow data/molecule_pdb/ch4.pdb,300,200,blue,spin on;,,HTML5)}
\M

Marie-Claude

[Olivier]

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Je ne suis pas chimiste non plus 😉

Voila la molécule que j’obtiens avec ton code :

Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

[bernadette]

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L’autre manière si openbabel est installé sur le serveur (ce qui est le cas sur wimsauto, je pense) est de mettre le code smile de la molécule:

\def{text M=slib(chemistry/jmolshow @C,300,200,blue,spin on;,,HTML5)}

Bernadette

 

 

 

[bernadette]

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De la doc de la slib:

Il est possible de charger une structure à partir de la base de données National Cancer Institute, en spécifiant soit le nom IUPAC soit le code SMILES de la structure. Dans ce cas le nom doit être précédé d’un @. Les exercices utilisant cette possibilité seront dépendents de l’accès à cette base.

Il semble que le nom IUPAC ne fonctionne plus (dépendant de National Cancer Institute). Á vérifier.

[Auteur]

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