slib(chemistry/moleculeViewer

Accueil Forums Programmation WIMS Programmation d’exercices OEF slib(chemistry/moleculeViewer

Vous lisez 6 fils de discussion
  • Auteur
    Messages
    • #7131
      Avatar photoMarie-Claude DAVID
      Participant
      Up
      0
      Down
      ::

      la slib(chemistry/moleculeViewer n’affiche pas ses résultats dans l’aide et slib(chemistry/moleculeViewer ch4,label=false scale=0.8 height=300 width=300) ne donne rien dans mon DocWIMS. Dois-je insérer une base de données quelquepart ?

      cordialement

      Marie-Claude

    • #7133
      Avatar photoOlivier
      Maître des clés
      Up
      0
      Down
      ::

      Bonjour Marie-Claude,

      La slib « chemistry/moleculeViewer » qu’on trouve dans les slibs ici :

      https://wims.univ-cotedazur.fr/wims/?module=help%2Fwimsdoc.en&cmd=new&subject=slib#slib

      indique comme description « Java Molecule Viewer »

      Java n’étant plus vraiment installé dans les navigateurs moderne, ca risque de ne pas fonctionner en effet. Pour afficher des molécule en 3D dans WIMS je te conseille plutôt la slib chemistry/jmolshow

       

      Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

    • #7134
      Avatar photoOlivier
      Maître des clés
      Up
      0
      Down
      ::

      J’ai fait une recherche du terme « moleculeViewer » sur l’ensemble des modules de mon serveur, et je n’ai trouvé aucune occurence. Si cette slib n’est plus utilisée, je propose de la retirer de la prochaine version de WIMS. (les modules qui l’utilisaient ont tous du passer à jmolshow)

      Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

    • #7135
      Avatar photoMarie-Claude DAVID
      Participant
      Up
      0
      Down
      ::

      merci de ta réponse mais comme je ne suis pas chimiste, je ne sais pas comment appeler le méthane CH_4.

      Marie-Claude

    • #7136
      Avatar photoMarie-Claude DAVID
      Participant
      Up
      0
      Down
      ::

      c’est bon j’ai réussi mais la molécule obtenue ne semble pas régulière.

      \def{text M=slib(chemistry/jmolshow data/molecule_pdb/ch4.pdb,300,200,blue,spin on;,,HTML5)}
      \M

      Marie-Claude

      • #7138
        Avatar photoOlivier
        Maître des clés
        Up
        0
        Down
        ::

        Je ne suis pas chimiste non plus 😉

        Voila la molécule que j’obtiens avec ton code :

        Capture-d-cran-2022-06-12-11-07-59

        Olivier Bado-Faustin / Université Côte d’Azur

    • #7141
      bernadette
      Maître des clés
      Up
      0
      Down
      ::

      L’autre manière si openbabel est installé sur le serveur (ce qui est le cas sur wimsauto, je pense) est de mettre le code smile de la molécule:

      \def{text M=slib(chemistry/jmolshow @C,300,200,blue,spin on;,,HTML5)}

      Bernadette

       

       

       

    • #7142
      bernadette
      Maître des clés
      Up
      0
      Down
      ::

      De la doc de la slib:

      Il est possible de charger une structure à partir de la base de données National Cancer Institute, en spécifiant soit le nom IUPAC soit le code SMILES de la structure. Dans ce cas le nom doit être précédé d’un @. Les exercices utilisant cette possibilité seront dépendents de l’accès à cette base.

      Il semble que le nom IUPAC ne fonctionne plus (dépendant de National Cancer Institute). Á vérifier.

Vous lisez 6 fils de discussion
  • Vous devez être connecté pour répondre à ce sujet.